Hankkeessa harmonisoidaan ja virtaviivaistetaan mikrobien genomidatan tuottamista THL:ssä ja kansallisesti kliinisen mikrobiologian laboratorioissa sekä kytketään genomidatan tuotanto ja analytiikka osaksi kansallista infektiotautien seurantaa.
Hanketta edelsi toinen EU-rahoitteinen hanke, joka keskittyi infrastruktuurin parantamiseen genomidatan tuottamista varten.
Tavoitteet
- Hankitun laitekannan rutiinikäyttö
- Sekvensoinnin tehostaminen valittujen mikrobien osalta (SARS-CoV2, influenssa, RSV, bakteeri-infektiot)
- Hengitystievirusten laboratoriopohjaisen seurannan menetelmien kehittäminen
- Kansallisen mikrobiologian bioinformatiikkaverkoston ylläpito ja kehittäminen
- Kansallisen kokogenomisekvensointidatan (WGS) kerääminen
- WGS-tuki kliinisen mikrobiologian laboratorioille
- Hengitystievirusten seurantajärjestelmän kehittäminen
- Sekvenssidatan integraation pilotointi kansalliseen seurantajärjestelmään.
Toteutus
Hanke toteutetaan neljässä työpaketissa:
- TP1. Hallinto ja koordinaatio
- TP2. Laboratoriomenetelmät ja -prosessit
- TP3. Kansanterveysmikrobiologian bioinformatiikka Suomessa
- TP4. Seurantajärjestelmät
Rahoitus
European Health and Digital Executive Agency (HaDEA)
Yhteistyökumppanit
FIMLAB (Tampere), HUS Diagnostiikkakeskus (Helsinki), ISLAB (Kuopio), Nordlab (Oulu), Tyks Laboratoriot (Turku)
Yhteystiedot
Päivitetty: