Clostridioides difficile
Tautiluokka: muu ilmoitettava mikrobilöydös
Kantakokoelma: ei sisälly tartuntatautirekisterin kantakokoelmaan
Lähettävät kannat
Vain vakavat infektiot ja epidemiaepäilyt. Ota aina yhteyttä THL:n laboratorioon / asiantuntijaan ennen näytteen lähettämistä.
Lähetä näyte puhdasviljelmä anaerobeille soveltuvassa kuljetusputkessa tai maljalla anaerobipussissa.
Laboratoriotutkimukset
- Lajinvarmistus (kokogenomisekvensointi, WGS)
- Toksiinigeenit (tcdA-, tcdB- ja cdtB) (kokogenomisekvensointi, WGS)
- Genotyyppi (kokogenomisekvensointi, WGS)
- Kantavertailu (kokogenomisekvensointi, WGS)
Yhteystiedot
Silja Mentula, erikoistutkija
Puh. 029 524 8161
Anja Paananen, laboratoriotutkija
Puh. 029 524 8186
Marja Veckström, tutkimusanalyytikko
Puh. 029 524 7144
Clostridium perfringens
Tautiluokka: muut tartuntataudit
Kantakokoelma: ei sisälly tartuntatautirekisterin kantakokoelmaan
Lähetettävät kannat
Vain epidemiaepäilyihin liittyvät kannat. Ota yhteyttä THL:n laboratorioon/asiantuntijaan ennen näytteen lähettämistä.
Lähetä näyte puhdasviljelmänä anaerobeille soveltuvassa kuljetusputkessa tai maljalla.
Laboratoriotutkimukset
- Lajinvarmistus (kokogenomisekvensointi, WGS)
- Cpe-toksiinigeeni, toksiiniprofiili (kokogenomisekvensointi, WGS)
Yhteystiedot
Silja Mentula, erikoistutkija
Puh. 029 524 8161
Anja Paananen, laboratoriotutkija
Puh. 029 524 8186
Marja Veckström, tutkimusanalyytikko
Puh. 029 524 7144
Kampylobakteeri
Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli
Tautiluokka: muut tartuntataudit
Kantakokoelma: ei sisälly tartuntatautirekisterin kantakokoelmaan
Lähetettävät kannat
Vain epidemiaepäilyihin liittyvät kannat. Ota yhteyttä THL:n laboratorioon / asiantuntijaan ennen näytteen lähettämistä.
Lähetä näyte puhdasviljelmänä kuljetusputkessa tai maljalla.
Laboratoriotutkimukset
Lajinvarmistus tarvittaessa (biokemialliset testit tai kokogenomisekvensointi, WGS)
Kantavertailu epidemiatilanteissa (kokogenomisekvensointi, WGS)
Yhteystiedot
Ulla-Maija Nakari, erikoistutkija
Puh. 029 524 7373
Anja Paananen, laboratoriotutkija
Puh. 029 524 8186
Yersinia
Yersinia enterocolitica ja Yersinia pseudotuberculosis
Tautiluokka: muut tartuntataudit
Kantakokoelma: ei sisälly tartuntatautirekisterin kantakokoelmaan
Lähetettävät kannat
Vain epidemiaepäilyihin tai vakaviin infektioihin liittyvät kannat. Ota yhteyttä THL:n laboratorioon / asiantuntijaan ennen näytteen lähettämistä.
Lähetä näyte puhdasviljelmänä kuljetusputkessa tai maljalla.
Laboratoriotutkimukset
- Lajivarmistus: (kokogenomisekvensointi, WGS)
- Serotyypitys (kokogenomisekvensointi, WGS)
- Kantavertailu (kokogenomisekvensointi, WGS)
- MLST (kokogenomisekvensointi, WGS)
Yhteistiedot
Saara Salmenlinna, johtava asiantuntija
Puh. 029 524 7944
Kryptosporidium
Cryptosporidium-alkueläimet
Lähetettävät näytteet
Vain epidemiaepäilyihin liittyvät näytteet. Ota yhteyttä THL:n laboratorioon / asiantuntijaan ennen näytteen lähettämistä.
Lähetä DNA-näyte tai ulostenäyte (eNAT-liuoksessa, formaliinissa tai sellaisenaan) THL:n laboratorioon.
Laboratoriotutkimukset
- Cryptosporidium-parasiitin lajinmääritys 18S rRNA sekvensoinnilla tai kiireellisissä tapauksissa real-time PCR:llä
- Parasiittien tarkempi tyypitys Gp60-menetelmällä
Yhteistiedot
Anni Vainio, Erikoistutkija
Puh. 029 524 79448171
Anja Paananen, laboratoriotutkija
Puh. 029 524 8186