THL:n hallussa on sen edeltäjäviranomaisten arkistoaineistot. 

Kansanterveyslaitos (1911–31.12.2008) 

Kansanterveyslaitoksen (KTL) historia alkoi vuonna 1911 Lääkintöhallituksen alaisena valtion väliaikaisena serumlaboratoriona. KTL perustettiin vuonna 1982 ja sen toiminta päättyi 31.12.2008. THL:n hallussa ovat seuraavat arkistot: 

Valtion väliaikaisen serumlaboratorion (1911–1914) 

Valtion serumlaboratorion (1915–1946) 

Valtion seerumlaitoksen (1947–1969) 

Kansanterveyslaboratorion (1970–1981) ja 

Kansanterveyslaitoksen (1982–2008) arkistot. 

Stakes (1.12.1992–31.12.2008) 

Sosiaali- ja terveysalan tutkimus- ja kehittämiskeskus (Stakes) aloitti toimintansa 1.12.1992 ja sen toiminta päättyi 31.12.2008. Arkistoituna ovat Stakesin asiakirjat sen koko toiminta-ajalta. 

Sosiaali- ja terveyshallitus (1.3.1991–1.12.1992) 

Sosiaali- ja terveyshallitus (STH) perustettiin Lääkintöhallituksen ja Sosiaalihallituksen tilalle 1.3.1991. Organisaatiota uudistettiin jo 1.12.1992, ja viraston nimi vaihtui uusia tehtäviä vastaavaksi Sosiaali- ja terveysalan tutkimus- ja kehittämiskeskukseksi (Stakes). Osa STH:n tehtävistä siirtyi sosiaali- ja terveysministeriölle, osa vuonna 1992 Terveydenhuollon oikeusturvakeskukselle (1.1.2009 lähtien Valvira) ja osa vuonna 1993 Lääkelaitokselle. THL:ssa on arkistoituna Sosiaali- ja terveyshallituksen asiakirjoja koko sen toiminnan ajalta. 

Lääkintöhallitus (1811–1991) 

Lääkintöhallitus aloitti toimintansa vuonna 1811. Se lakkautettiin vuoden 1991 hallinnonuudistuksessa. THL:n hallussa on sen asiakirjoja 1950-luvulta aina lakkauttamiseen asti. Pääosa THL:ssa olevista asiakirjoista on määräajan säilytettäviä. Pysyvästi säilytettäviä asiakirjoja tulee tiedustella ensisijaisesti Kansallisarkistosta. 

Sosiaalihallitus ja Sosiaaliministeriö 

Sosiaalihallitus perustettiin 1917 ja lakkautettiin 1923. Lakkauttamisen jälkeen sen tehtäviä hoiti Sosiaaliministeriö (1917–1967). Vuonna 1968 perustettiin uusi Sosiaalihallitus. Se lakkautettiin vuonna 1991. 

Sosiaalihallituksen ja Sosiaaliministeriön arkistoaineistot ovat siirretty Kansallisarkistoon. Asiakirjoja tulee tiedustella Kansallisarkistosta.