Lajitunnistus
Haponkestävää sauvaa sisältävän viljelmän lajitunnistus tehdään ensisijaisesti kaupallisella nukleiinihappohybridisaatiotestillä (HainGenoType® Mycobacterium CM).
HainGenoType® Mycobacterium CM -testi tunnistaa seuraavat mykobakteerit:
- M. abscessus
- M. avium ssp.
- M. chelonae
- M. fortuitum 1
- M. fortuitum 2
- M. gordonae
- M. intracellulare
- M. interjectum
- M. kansasii
- M. malmoense
- M. marinum
- M. peregrinum
- M. scrofulaceum
- M. tuberculosis complex
- M. xenopi
Tarvittaessa tunnistusta jatketaan lisää lajeja tunnistavalla nukleiinihybridisaatiotestillä (HainGenoType® Mycobacterium AS).
HainGenoType® Mycobacterium AS -testi tunnistaa seuraavat mykobakteerit:
- M. simiae
- M. mucogenicum
- M. goodii
- M. celatum
- M. smegmatis
- M. genavense
- M. lentiflavum
- M. heckeshornense
- M. szulgai
- M. intermedium
- M. phlei
- M. haemophilum
- M. kansasii
- M. ulcerans
- M. gastri
- M. asiaticum
- M. shimodei
Edellä mainituilla testeillä tunnistamattomaksi jääneet NTM:t (non-tuberculous mycobacteria) tunnistetaan sekvensoimalla 16S rRNA-PCR-tuote (sekvensointireaktioiden ajo alihankintana FIMM-sekvensointilaboratoriossa).
Mycobacterium tuberculosis complex -lajinvarmistus
Suomessa pyratsiiniamidille herkät M. tuberculosis -kompleksin kannat ovat useimmiten M. tuberculosis-kantoja.
Lisäksi M. tuberculosis-kompleksin kannoista voidaan tunnistaa lajitasolle kaupallisella nukleiinihappohybridisaatiotestillä (Hain GenoType® Mycobacterium MTBC):
- M. tuberculosis
- M. bovis
- M. bovis BCG
- M. africanum
- M. microti
Lopullinen M. tuberculosis -kompleksin lajinvarmistus saadaan genotyypityksellä.
Maksullisten määritysten hinnat löytyvät Yleistä -välilehdeltä.
Määritysten virhelähteitä ovat:
- kannan epäpuhtaus
- näytteen niukkuus
- testien herkkyys
- PCR-tuotteen virheet