Suomalaisten biopankkien kohortit koottu yhteen Fingenious-palveluun
Tutkijoiden saatavilla olevat tutkimus- ja potilasaineistot moninkertaistuneet Fingenious®-palvelussa
Suomalaisten julkisten biopankkien kohorttiaineistot on koottu yhteen osaksi suomalaista Fingenious-palvelua. Uusi Kohortit-sovellus kasvattaa merkittävästi Fingenious-palvelussa esiteltävien näyte- ja tietovarantojen määrää. Se mahdollistaa akateemisille ja lääketeollisuuden tutkijoille helpomman ja laajemman löydettävyyden suomalaisten kohorttien osalta - joka taas voi johtaa uudenlaisten tutkimusten syntyyn. Palveluun on koottu yhteen jo olemassa olevia kohortteja selkeän ja helppokäyttöisen kokonaisuuden alle, ja samalla on muodostettu aivan uusia kohorttiaineistoja. Näin laajasti suomalaisten biopankkien tietovarantoja ei ole aiemmin tuotu esille.
Fingenious-saatavuuspalvelu (rekisteröidy palveluun, englanniksi)
Sovelluksessa esiteltävät kohortit
Kohortit-sovellus esittelee laajan valikoiman erilaisia näytekokoelmia ja tutkimuskohortteja, jotka ovat saatavilla Suomen julkisista biopankeista. Esiteltävät kohortit voivat olla mm.
- perinteisiä tutkimuskohortteja,
- kliinisten tutkimusten kohortteja,
- diagnoosiin tai diagnoosiryhmään perustuvia kohortteja,
- näytetyypin tai aineistoon kuuluvan datan perusteella muodostettuja kohortteja, tai
- useiden biopankkien aineistoista koottuja kokonaisuuksia, jotka voivat olla muodostettu esim. aiemman tutkimusprojektin yhteydessä.
THL Biopankin väestöpohjaisten sekä tautispesifisten kohorttiaineistojen lisäksi palvelusta löytyy monenlaisia sairaalabiopankkien tauti- tai näytetyyppikohtaisia aineistokokonaisuuksia, sekä Arctic Biopankissa olevat Pohjois-Suomen syntymäkohorttiaineistot. Monipuoliset aineistot mahdollistavat hyvinkin laajojen tutkimusaineistojen kokoamisen sekä esimerkiksi monenlaiset tapaus-verrokki-asetelmat. Prediagnostisten näytteiden ja kansallisista rekistereistä saatavien seuranta-ajan tietojen avulla voidaan myös tutkia sairauksille altistavia tekijöitä ja kehittää varhaista diagnostiikkaa. Terveyteen liittyviä tietoja voidaan liittää biopankkien näytteisiin ja tietoihin myös kattavista kansallisista terveysrekistereistä.
Kohortit-sovelluksessa on tällä hetkellä kuvattuna yli 50 kohorttia suomalaisista julkisista biopankeista. Kohortteja lisätään sovellukseen sitä mukaan, kun niitä kerätään biopankkeihin tai uusia kohortteja muodostetaan jo olemassa olevista aineistoista. Sovelluksessa esiteltävät kohortit sisältävät näyte- ja tietoaineistoja aina 1960-luvulta tähän päivään. Monien kohorttien keräys on edelleen käynnissä, joten niiden koko tulee vielä kasvamaan. Kohortit ovat kooltaan ja sisällöltään hyvin vaihtelevia; näytteenantajien määrä vaihtelee muutamista sadoista lähes miljoonaan, samoin niiden sisältämien näytteiden ja tietojen määrät ja tyypit vaihtelevat suuresti.
Käytön helppouteen panostettu
Uusi Kohortit-sovellus on erittäin helppokäyttöinen ja visuaalisesti siinä korostuvat erilaiset kohortteja edustavat valokuvat. Fingenious-palveluun kirjautumisen jälkeen kohortteja pääsee selailemaan, tai niihin voi kohdistaa hakuja mm. avainsanojen, näytetyyppien tai datakategorioiden perusteella. Kohorttikohtaisissa kuvauksissa aineistoista esitetään vertailukelpoiset perustiedot.
Mahdollisuus tutustua biopankkien yhteisiin aineistoihin
Kohortit-sovelluksessa on kuvattuna muun muassa CoCoBi-aineisto (Connecting Cohorts with Biobanks), joka on muodostettu terveen ikääntymisen tutkimusta varten. Se sisältää näytteitä ja tietoja jopa 1,39 miljoonalta näytteenantajalta Arctic Biopankista, Pohjois-Suomen Biopankki Borealiksesta ja THL Biopankista. Kohortti sisältää harmonisoituja terveys- ja elämäntapatietoja sekä aineenvaihdunnan terveyden arviointiin liittyvää dataa yli 100 000 suomalaiselta. Sähköiset terveydenhuollon tiedot ovat integroitavissa aineistoon noin 450 000 sairaalabiopankin näytteenantajalta. Lisäksi saatavilla on noin 990 000 näytteenluovuttajan raskaustiedot sekä seeruminäytteiden analyysituloksia. CoCoBi-kohortti tarjoaa hienon mahdollisuuden tutkia pitkittäisiä tiedonkeruupisteitä ja sukeltaa syvemmälle ikääntyvien terveydentilan arviointiin.
(Julkaisu “Connecting cohorts of Finnish biobanks creates a research resource for the study of healthy ageing” Eklund, N. et al. valmisteilla)
Kohortit-sovellukseen on tuotu myös FinnGen-tutkimuskohortti, jonka tiedot on pääosin tuotettu FinnGen-biopankkitutkimuksessa. Kohortin 320 000:n näytteenantajan genomitiedot voidaan yhdistää kansallisten terveysrekisterien tietoihin sekä suomalaisissa biopankeissa oleviin näyte- ja tietoaineistoihin. FinnGen-tutkimuskohortin näytteenantajista yli 120 000 on THL Biopankista, missä heistä on saatavilla monipuolisia lisätietoja sekä näytteitä. Lisäksi lukuisiin FinnGen-tutkimuskohortin näytteenantajiin on mahdollista ottaa yhteyttä uutta biolääketieteellistä tai kliinistä tutkimusta varten.
Lisätietoja Kohortit-sovelluksesta
FINBB: contact (at) finbb.fi
THL Biopankki: admin.biobank (at) thl.fi
