Jäteveden metagenomisten tietojen louhinta väestön terveyteen ja tauteihin liittyvien trendien tunnistamiseksi (MiWaGen)

Jätevedenpuhdistamolle saapuva yhdyskuntien jätevesi yhdistää kotitalouksien, sairaaloiden, sekä teollisuuden jätevedet, jonka vuoksi jäteveden seuranta kattaa koko väestön toiminnan. Yhdyskuntien jätevesi tarjoaa resurssitehokkaan työkalun väestötason kansanterveyden seurantaan ja tautitrendien tunnistamiseen.

Metagenominen tieto sisältää tiedon yhteisössä kiertävistä ja jäteveteen erittyvistä taudinaiheuttajista. Saatavan tiedon hyödyntämiseen kansan terveyden ja tautitrendien ennustamisessa tarvitaan koneoppimista, sekä malleja, joissa metagenomiikkatieto on yhdistettynä väestön terveyteen liittyvän dataan.

Tavoitteet

Konsortiotutkimuksen tavoitteena on laajentaa jätevesipohjaista seurantaa ja ennustaa tautitrendejä metagenomisen tiedon perusteella:

• Laajentaa yhdyskuntien jätevesien näytteenottoa ja näytteistä saatavan datan keräämistä yleiseen käyttöön
• Luoda edustava otos yhdyskuntien jätevesien metagenomitiedosta yhdistettynä väestön terveyteen liittyvään dataan
• Kartoittaa ihmisen mikrobiomin ajallista ja paikallista vaihtelua jätevesien metagenomitiedon perusteella
• Tutkia ja tunnistaa metagenomitiedosta indikaattoreita kansanterveydellisiin ja kroonisiin tauteihin
• Ennustaa koneoppimisen avulla jätevesien metagenomitiedoista väestön terveyttä ja tautitrendejä

Toteutus

Konsortiotutkimus on jaettu neljään työpakettiin:

1. Jäteveden metagenomitietojen keräys
2. Metagenomitietojen ja väestön terveyteen liittyvän datan keräys, käsittely ja analysointi
3. Jäteveden metagenomitietojen yhdistäminen väestön terveysdataan
4. Hankkeen hallinto ja tiedotus

Yhteistyökumppanit

Tampereen yliopisto

Rahoitus

Suomen Akatemia

Yhteystiedot

Tarja Pitkänen
johtava asiantuntija
puh. 029 524 6315
sähköposti: [email protected]