Laboratorioprosessien ja bioinformatiikan virtaviivaistaminen sekä genomiseurannan kytkeminen osaksi infektiotautien seurantaa Suomessa (HaD_SinGen)

Hankkeessa harmonisoidaan ja virtaviivaistetaan mikrobien genomidatan tuottamista THL:ssä ja kansallisesti kliinisen mikrobiologian laboratorioissa sekä kytketään genomidatan tuotanto ja analytiikka osaksi kansallista infektiotautien seurantaa.

Hanketta edelsi toinen EU-rahoitteinen hanke, joka keskittyi infrastruktuurin parantamiseen genomidatan tuottamista varten.

Tavoitteet

1. Hankitun laitekannan rutiinikäyttö
2. Sekvensoinnin tehostaminen valittujen mikrobien osalta (SARS-CoV2, influenssa, RSV, bakteeri-infektiot)
3. Hengitystievirusten laboratoriopohjaisen seurannan menetelmien kehittäminen
4. Kansallisen mikrobiologian bioinformatiikkaverkoston ylläpito ja kehittäminen
5. Kansallisen kokogenomisekvensointidatan (WGS) kerääminen
6. WGS-tuki kliinisen mikrobiologian laboratorioille
7. Hengitystievirusten seurantajärjestelmän kehittäminen
8. Sekvenssidatan integraation pilotointi kansalliseen seurantajärjestelmään

Toteutus

Hanke toteutetaan neljässä työpaketissa:

• TP1. Hallinto ja koordinaatio
• TP2. Laboratoriomenetelmät ja -prosessit
• TP3. Kansanterveysmikrobiologian bioinformatiikka Suomessa
• TP4. Seurantajärjestelmät

Hanke toteutetaan THL:ssä Terveysturvaajat-osastolla.

Yhteistyökumppanit

FIMLAB (Tampere), HUS Diagnostiikkakeskus (Helsinki), ISLAB (Kuopio), Tyks Laboratoriot (Turku), Nordlab (Oulu)

Rahoitus

European Health and Digital Executive Agency (HaDEA)

Yhteystiedot

Carita Savolainen-Kopra
johtava asiantuntija, yksikön päällikkö
puh. 029 524 8884
[email protected]

Saara Salmenlinna
johtava asiantuntija, bakteriologian tiimipäällikkö
puh. 029 524 7944
[email protected]

Niina Ikonen
johtava asiantuntija, virologian tiimipäällikkö
puh. 029 524 8413
[email protected]