Varianter av coronaviruset kan nu också identifieras i avloppsvattnet – de första observationerna av omikron från prover i december
THL:s uppföljning av avloppsvatten utvidgas till att identifiera coronavirusvarianter i avloppsvattenprover. Det är möjligt att identifiera varianter i avloppsvatten med avancerade sekvenseringstekniker, även om coronavirusets arvsmassa, dvs. virus-RNA, är utspätt i avloppsvattnet och kan ha skadats av miljöfaktorer. THL började utveckla metoden för identifiering av coronavirusvarianter i avloppsvattenprover i slutet av förra året.
Den första bekräftade observationen av omikronvarianten i avloppsvatten i Finland kom från ett prov av orenat avloppsvatten som anlände till Finno avloppsreningsverk i Esbo. Provet hade samlats in under självständighetsdagsveckan 6.-7.12.2021.
Även i Helsingfors avloppsvatten kunde man samtidigt observera tecken på omikron, men observationen förblev obekräftad. Veckan därpå, 12.-13.12.2021, kunde observationen av omikronvarianten bekräftades i ett prov som samlats in från Viksbacka avloppsreningsverk i Helsingfors.
Omikronvarianten observerades ytterligare i de prover som samlades in påföljande vecka, dvs. 19.-20.12.2021. Varianten hittades vid avloppsreningsverken i Viksbacka i Helsingfors, Viinikanlahti i Tammerfors i Birkaland, Kuhasalo i Joensuu i Norra Karelen, Lotsörebacken i Björneborg i Satakunta och Kakolabacken i Åbo i Egentliga Finland. Omikronobservationen i avloppsvattnet förblev osäker i provet som samlades in från Lehtoniemi reningsverk i Kuopio i Norra Savolax. Under tidigare veckor och på andra uppföljningsorter har ingen omikronvariant observerats.
De preliminära fynden av omikronvarianten i avloppsvatten infaller vid samma tidpunkt före jul då omikronvariantens andel av konstaterade coronavirusinfektioner började öka hos befolkningen. Enligt smittregistret, har 20 sampel bland de positiva prover som samlats in i Finland fram till den 5 december konstaterats vara omikron genom sekvensering. Nio av dessa påvisades i Helsingfors och Nylands sjukvårdsdistrikt och i 11 andra sjukvårdsdistrikt.
Ännu i november representerade alla variantobservationer i avloppsvatten deltavarianten. I avloppsvattnet som undersöktes i december kunder till en början endast deltavarianten observeras och senare även omikronvarianten.
THL raporterade den 2 december 2021 om den första coronavirussmittan som orsakats av omikronvarianten, varefter omikronvaranten påvisats i allt högre grad och blivit den dominana virusvarianten i flera områden.
Metoden för identifiering av varianter i avloppsvattnet ger för tillfället endast preliminära resultat. De slutliga resultaten kan dröja upp till en månad p. g. a. sekvenseringsdröjsmål.
Alla insamlade avloppsvattenprover har ännu inte analyserats för coronavirusvarianter. Följande resultat av sekvenseringen fås tidigast i februari. Resultaten gäller situationen på olika orter i början av januari.
Uppföljningen av avloppsvattnet fortsätter varje vecka
Under årets tre första veckor har prover redan samlats in för uppföljningen av coronavirus i avloppsvatten. På basis av de senaste avloppsvattenproverna, som samlats in 16.–17.1.2022, kan redan en ökning av coronavirusets totala RNA-antal observeras.
Utifrån de fem senaste mätningarna observerade man att coronavirusets RNA-antal fortsatt att stiga vid den största delen av de undersökta avloppsreningsverken.
I Esbo, Helsingfors, Tavastehus, Joensuu, Kuopio och Vasa är antalet virus-RNA-kopior i avloppsvattnet per 1 000 personer på ett dygn det största i mäthistorien andra veckan i rad.
Antalet RNA-kopior av Sars-CoV-2-viruset i avloppsvattenprover och konstaterade fall av Covid-19 i sammanlagt 14 reningsverk.
Lägesbilden av mängden coronavirus som uppföljningen av avloppsvattnet ger är oberoende av testaktiviteten och stöder andra epidemiparametrar.
Coronavirusets RNA-antal undersöks varje vecka i avloppsvattenprover från 13 orter: från reningsverken i Esbo, Helsingfors, Tavastehus, Joensuu, Jyväskylä, Kouvola, Kuopio, Villmanstrand, Uleåborg, Björneborg, Tammerfors, Åbo och Vasa. Dessutom samlar man in prov från Rovaniemi med två veckors mellanrum.
Coronavirusets RNA-antal som observerats i proverna uppdateras på THL:s webbplats i veckorapporten om uppföljning av avloppsvatten en gång i veckan på fredagar kl. 12. De avloppsvattenprover i vilka coronavirusets RNA observeras sekvenseras för närmare variantanalyser.
Mer information
- Mer information om varianter av coronaviruset i avloppsvattnet
- Mer information om varianter av coronaviruset
- THL:s nyhet 2 december 2021 Ett fall av omikronvarianten har konstaterats i Finland
- THL:s nyhet 7 december 2021 I Finland har konstaterats två nya fall av omikronvarianten – fall har redan observerats i 50 länder
- THL:s nyhet 19 januari 2022 55 500 nya coronavirusfall i Finland på en vecka, belastningen på den specialiserade sjukvården fortsatt hög
- Veckorapport om uppföljningen av coronavirus i avloppsvatten (på finska)Länk till en annan webbplatsÖppnas i en ny flik
Tarja Pitkänen
ledande expert
THL
tfn 029 524 6315
fornamn.efternamn@thl.fi
Anssi Lipponen
specialforskare
THL
tfn 029 524 7962
fornamn.efternamn@thl.fi
