Näytteiden lähettäminen koronasekvensointiin

SARS-CoV-2-virusten alalinjoja ja muuntumista seurataan viruksen kokogenomisekvensoinnin avulla. Genomiseurannan tavoitteena on seurata muunnosten ajallista vaihtelua ja havaita uusia virusmuunnoksia Suomessa. 

THL julkaise kokogenomisekvensoinnin tuloksia SARS-CoV-2-koronaviruksen genomiseuranta -sivulla
SARS-CoV-2-koronaviruksen genomiseuranta

Mitkä näytteet sekvensoidaan?

1. Epidemiologista seurantaa varten sekvensoidaan otanta SARS-CoV-2-positiivisista näytteistä. 

Toivomme, että näytteitä kerätään viikoittain kustakin yliopistosairaalan laboratoriosta seuraavasti:

• 10 kpl HUS 
• 5 kpl TYKS 
• 5 kpl TayS  
• 3 kpl KYS 
• 3 kpl OYS 

Näytteet voivat olla peräisin avohoidossa tai sairaalahoidossa olevilta henkilöiltä. Näytteiden pitää olla erillisiä, toisistaan riippumattomia. 

Näytteiden mukana lähetetään täytetty sekvensointilähete.
COVID-19-sekvensointilähete

Näytteitä kerätään mielellään viikoittain ja lähetetään joko neljän (viikot 14-35) tai kahden (viikot 36-13) viikon taajuudella THL:ään, jossa näytteet sekvensoidaan.

Näytteiden tulisi olla THL:ssä seuraavalla aikataululla:

• 30.5.2024
• 27.6.2024
• 25.7.2024
• 22.8.2024 

Näytteiden lähetysosoite:
THL
Asiantuntijamikrobiologia
Virologia/UK Sekvensointi
PL 30
00271 Helsinki

2. Erikseen sovituista keskussairaalan laboratorioista maksimissaan 5 näytettä/viikko. 

3. Erikseen sovittaessa tutkitaan myös poikkeavista tartuntarypäistä otetut näytteet, esimerkiksi hoitolaitoksissa ja kouluissa tai tilanteissa, joissa tartuntamäärissä on havaittavissa merkittävää lisääntymistä.