SARS-CoV-2-koronaviruksen genomiseuranta

Päivitetty: 20.12.2024

SARS-CoV-2-virusten evoluutiota on seurattu Suomessa joulukuusta 2020 alkaen niin sanotulla kokogenomisekvensoinnilla. Kokogenomisekvenssien avulla määritetään väestössä kiertävien virusten geneettiset linjat sekä niissä esiintyvät mutaatiot.

THL vastaa Suomessa kansallisesta SARS-CoV-2 genomiseurannasta. Hyvinvointialueiden koronavirusdiagnostiikkaa tukevat laboratoriot toimittavat viikoittain otannan PCR-positiivisista näytteistä sekvensoitavaksi. Tuotettu sekvenssitieto ei sisällä henkilötietoja.

Sekvensoinnin tulokset raportoidaan tartuntatautirekisteriin sekä koosteena tälle sivulle. Sekvenssien perusteella valitaan myös viruksia THL:ssä tapahtuviin laboratoriotutkimuksiin, joissa selvitetään muun muassa viruksen kykyä kiertää immuniteettia.

Suomessa tuotettu sekvenssitieto yhdistetään SARS-CoV-2 virusten maailmanlaajuisiin sekvenssitietokantoihin, joiden avulla pyritään alueellisia muutoksia alalinjojen esiintyvyydessä ja tunnistamaan uusia ja potentiaalisesti pandeemisia alalinjoja.

Sekvensointituloksiin ja Tartuntatautirekisteriin perustuvat tiedot saattavat hieman erota toisistaan johtuen raportointiviiveestä. Viimeisen raportointiviikon tulokset perustuvat usein pieneen näytemäärään ja ovat siten luotettavuudeltaan edeltäviä viikkoja heikompia.

Havaitut koronavirusmuunnokset jätevedessä
WHO ja ECDC ylläpitävät listoja tehostetusti seurattavista alalinjoista sekä keräävät tietoa niiden tartuttavuudesta, taudin vakavuudesta sekä kyvystä kiertää immuniteettiä.
Tracking SARS-CoV-2 variants (englanniksi, WHO)
SARS-CoV-2 variants of concern (englanniksi, ECDC)
SARS-CoV-2 alalinjoja maailmalla voi seurata Nextstrain-sivustolla.
Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 (englanniksi, Nextrain.org)

Tilannekatsaus, joulukuu 2024

Vuoden 2024 loppupuolella lähes kaikki genomiseurannassa havaituista SARS-CoV-2 alalinjoista on BA.2.86 linjasta polveutuvia JN.1 alalinjoja, joista KP.3.1.1 ja XEC ovat yleisimmät. Tulokset vastaavat muualla Euroopassa tehtyjä havaintoja.

SARS-CoV-2 viruslinjojen muuntumisen odotetaan jatkuvan uusien, väestön immuniteetin kiertämistä edesauttavien, mutaatioiden myötä. WHO:n tämänhetkisen arvion mukaan, kiertävät koronavirusmuunnokset eivät poikkea vaikuttavuudessaan väestön terveyteen, verrattuna aiempiin muunnoksiin.