SARS-CoV-2-koronaviruksen genomiseuranta
Päivitetty: 7.10.2024
SARS-CoV-2-virusten evoluutiota on seurattu Suomessa joulukuusta 2020 alkaen niin sanotulla kokogenomisekvensoinnilla. Kokogenomisekvenssien avulla määritetään väestössä kiertävien virusten geneettiset linjat sekä niissä esiintyvät mutaatiot.
THL vastaa Suomessa kansallisesta SARS-CoV-2 genomiseurannasta. Hyvinvointialueiden koronavirusdiagnostiikkaa tukevat laboratoriot toimittavat viikoittain otannan PCR-positiivisista näytteistä sekvensoitavaksi. Tuotettu sekvenssitieto ei sisällä henkilötietoja.
Sekvensoinnin tulokset raportoidaan tartuntatautirekisteriin sekä koosteena tälle sivulle. Sekvenssien perusteella valitaan myös viruksia THL:ssä tapahtuviin laboratoriotutkimuksiin, joissa selvitetään muun muassa viruksen kykyä kiertää immuniteettia.
Suomessa tuotettu sekvenssitieto yhdistetään SARS-CoV-2 virusten maailmanlaajuisiin sekvenssitietokantoihin, joiden avulla pyritään alueellisia muutoksia alalinjojen esiintyvyydessä ja tunnistamaan uusia ja potentiaalisesti pandeemisia alalinjoja.
Sekvensointituloksiin ja Tartuntatautirekisteriin perustuvat tiedot saattavat hieman erota toisistaan johtuen raportointiviiveestä. Viimeisen raportointiviikon tulokset perustuvat usein pieneen näytemäärään ja ovat siten luotettavuudeltaan edeltäviä viikkoja heikompia.
- Havaitut koronavirusmuunnokset jätevedessä
- WHO ja ECDC ylläpitävät listoja tehostetusti seurattavista alalinjoista sekä keräävät tietoa niiden tartuttavuudesta, taudin vakavuudesta sekä kyvystä kiertää immuniteettiä.
Tracking SARS-CoV-2 variants (englanniksi, WHO)
SARS-CoV-2 variants of concern (englanniksi, ECDC) - SARS-CoV-2 alalinjoja maailmalla voi seurata Nextstrain-sivustolla.
Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 (englanniksi, Nextrain.org)
Tilannekatsaus, lokakuu 2024
Kaikki kesän ja alkusyksyn 2024 aikana havaitut SARS-CoV-2 alalinjat ovat JN.1 muunnoksesta polveutuvia alalinjoja. Syksyn aikana yleisimmin havaittu alalinja on KP.3.1.1 yli 70% osuudella sekvensointinäytteistä. Maailmanlaajuisen sekvenssiaineiston perusteella, Euroopassa alalinjahavainnot ovat samansuuntaisia mutta maanosien välillä alalinjajakaumassa esiintyy vaihtelua.
SARS-CoV-2 viruslinjojen muuntumisen odotetaan jatkuvan uusien, väestön immuniteetin kiertämistä edesauttavien, mutaatioiden myötä. WHO:n tämänhetkisen arvion mukaan, kiertävät koronavirusmuunnokset eivät poikkea vaikuttavuudessaan väestön terveyteen, verrattuna aiempiin muunnoksiin.
Sisältö
- Taulukko 1. SARS-CoV-2 alalinjojen osuudet (%) otosseurannan näytteistä, tammikuu-elokuu, 2024
- Kuvaaja 1. SARS-CoV-2 alalinjajakauma otosseurannassa
- Kuvaaja 2. Pitkän aikavälin kuvaaja tartuntatautirekisteriin kirjattujen linjojen viikoittaisista lukumääristä
Taulukko 1. SARS-CoV-2 alalinjojen osuudet (%) otosseurannan näytteistä, tammikuu-elokuu, 2024
Klikkaa kuva suuremmaksi (png, 173 kt).
Taulukko 1 aineisto saavutettavassa taulukkomuodossa (csv 1 kt)
Kuvaaja 1. SARS-CoV-2 alalinjajakauma otosseurannassa
Kuvaaja 2. Pitkän aikavälin kuvaaja tartuntatautirekisteriin kirjattujen linjojen viikoittaisista lukumääristä
Kuvaajan 2 aineisto saavutettavassa taulukkomuodossa (csv, 115 kt)