SARS-CoV-2-koronaviruksen genomiseuranta

Päivitetty:  7.10.2024

SARS-CoV-2-virusten evoluutiota on seurattu Suomessa joulukuusta 2020 alkaen niin sanotulla kokogenomisekvensoinnilla. Kokogenomisekvenssien avulla määritetään väestössä kiertävien virusten geneettiset linjat sekä niissä esiintyvät mutaatiot.

THL vastaa Suomessa kansallisesta SARS-CoV-2 genomiseurannasta. Hyvinvointialueiden koronavirusdiagnostiikkaa tukevat laboratoriot toimittavat viikoittain otannan PCR-positiivisista näytteistä sekvensoitavaksi. Tuotettu sekvenssitieto ei sisällä henkilötietoja.

Sekvensoinnin tulokset raportoidaan tartuntatautirekisteriin sekä koosteena tälle sivulle.  Sekvenssien perusteella valitaan myös viruksia THL:ssä tapahtuviin laboratoriotutkimuksiin, joissa selvitetään muun muassa viruksen kykyä kiertää immuniteettia.

Suomessa tuotettu sekvenssitieto yhdistetään SARS-CoV-2 virusten maailmanlaajuisiin sekvenssitietokantoihin, joiden avulla pyritään alueellisia muutoksia alalinjojen esiintyvyydessä ja tunnistamaan uusia ja potentiaalisesti pandeemisia alalinjoja.

Sekvensointituloksiin ja Tartuntatautirekisteriin perustuvat tiedot saattavat hieman erota toisistaan johtuen raportointiviiveestä. Viimeisen raportointiviikon tulokset perustuvat usein pieneen näytemäärään ja ovat siten luotettavuudeltaan edeltäviä viikkoja heikompia.

Tilannekatsaus, lokakuu 2024

Kaikki kesän ja alkusyksyn 2024 aikana havaitut SARS-CoV-2 alalinjat ovat JN.1 muunnoksesta polveutuvia alalinjoja. Syksyn aikana yleisimmin havaittu alalinja on KP.3.1.1 yli 70% osuudella sekvensointinäytteistä. Maailmanlaajuisen sekvenssiaineiston perusteella, Euroopassa alalinjahavainnot ovat samansuuntaisia mutta maanosien välillä alalinjajakaumassa esiintyy vaihtelua.  

SARS-CoV-2 viruslinjojen muuntumisen odotetaan jatkuvan uusien, väestön immuniteetin kiertämistä edesauttavien, mutaatioiden myötä. WHO:n tämänhetkisen arvion mukaan, kiertävät koronavirusmuunnokset eivät poikkea vaikuttavuudessaan väestön terveyteen, verrattuna aiempiin muunnoksiin.

Sisältö

Taulukko 1. SARS-CoV-2 alalinjojen osuudet (%) otosseurannan näytteistä, tammikuu-elokuu, 2024

Taulukko 1. sisältö linkitetty alle saavutettavassa taulukkomuodossa.

Klikkaa kuva suuremmaksi (png, 173 kt).

Taulukko 1 aineisto saavutettavassa taulukkomuodossa (csv 1 kt)

Kuvaaja 1. SARS-CoV-2 alalinjajakauma otosseurannassa

Kuvaaja 1. sisältö linkitetty alle saavutettavassa taulukkomuodossa.

Klikkaa kuva suuremmaksi (png, 243 kt).Yksilöityjen alalinjojen prosentuaaliset osuudet viikoittaisessa sekvensointiaineistossa, neljän kuukauden seurantajaksolla. Tiedot perustuvat suhteellisen pieneen, n. 20 sekvenssin viikoittaiseen aineistoon.

Kuvaajan 1 aineisto saavutettavassa taulukkomuodossa (csv 10,2 kt)

Kuvaaja 2. Pitkän aikavälin kuvaaja tartuntatautirekisteriin kirjattujen linjojen viikoittaisista lukumääristä

Kuvaaja 2. sisältö linkitetty alle saavutettavassa taulukkomuodossa.

Klikkaa kuva suuremmaksi (png, 92 kt). Pitkän aikavälin kuvaaja tartuntatautirekisteriin kirjattujen VOC (Variant of Concern-) viikoittaisista lukumääristä sekvensointiaineistossa. Kuvaajassa esitetään varianttiaaltoja vuoden 2020 lopulta alkaen, jolloin kansallinen SARS-CoV-2 genomiseuranta aloitettiin. Vaaleanvihreät palkit edustavat BA.2-alalinjoja, tummanvihreät palkit BA.2.86-alalinjoja (käsittäen JN.1 ja KP-muunnokset), oranssit palkit BA.4-alalinjoja, pinkit palkit BA.5-alalinjoja, mustat palkit XBB-rekombinanttialalinjoja ja harmaat palkit muita viruslinjoja, joita ei olla määritetty edeltäviin ryhmiin. Alalinjojen .X-päätteet käsittävät koko alalinjaperheen.

Kuvaajan 2 aineisto saavutettavassa taulukkomuodossa (csv, 115 kt)

Päivitetty: