SARS-CoV-2-koronaviruksen genomiseuranta

Päivitetty:  19.3.2024

SARS-CoV-2-virusten evoluutiota on seurattu Suomessa joulukuusta 2020 alkaen niin sanotulla kokogenomisekvensoinnilla. Kokogenomisekvenssien avulla määritetään väestössä kiertävien virusten geneettiset linjat sekä niissä esiintyvät mutaatiot.

THL vastaa Suomessa kansallisesta SARS-CoV-2 genomiseurannasta. Hyvinvointialueiden koronavirusdiagnostiikkaa tukevat laboratoriot toimittavat viikoittain otannan PCR-positiivisista näytteistä sekvensoitavaksi. Tuotettu sekvenssitieto ei sisällä henkilötietoja.

Sekvensoinnin tulokset raportoidaan tartuntatautirekisteriin sekä koosteena tälle sivulle 2–3 viikon viiveellä näytteenotosta. Sekvenssien perusteella valitaan myös viruksia THL:ssä tapahtuviin laboratoriotutkimuksiin, joissa selvitetään muun muassa viruksen kykyä kiertää immuniteettia.

Suomessa tuotettu sekvenssitieto yhdistetään SARS-CoV-2 virusten maailmanlaajuisiin tietokantoihin, joiden avulla pyritään tunnistamaan uusia ja potentiaalisesti pandeemisia alalinjoja sekä havaitsemaan alueellisia muutoksia alalinjojen esiintyvyydessä.

Sekvensointituloksiin ja Tartuntatautirekisteriin perustuvat tiedot saattavat hieman erota toisistaan johtuen raportointiviiveestä. Viimeisen raportointiviikon tulokset perustuvat usein pieneen näytemäärään ja ovat siten luotettavuudeltaan edeltäviä viikkoja heikompia.

• SARS-CoV-2-virusten evoluutiosta ja linjoista on kerrottu tarkemmin Muuntuneet koronavirukset -sivulla.
  Muuntuneet koronavirukset
• WHO ja ECDC ylläpitävät listoja tehostetusti seurattavista alalinjoista sekä keräävät tietoa niiden tartuttavuudesta, taudin vakavuudesta sekä kyvystä kiertää immuniteettiä.
  Tracking SARS-CoV-2 variants (englanniksi, WHO)
  SARS-CoV-2 variants of concern (englanniksi, ECDC)
• SARS-CoV-2 alalinjoja maailmalla voi seurata Nextstrain-sivustolla.
  Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 (englanniksi, Nextrain.org)

Tilannekatsaus, maaliskuu 2024

Omikronmuunnos BA.2.86 ja siitä polveutuvat alalinjat ovat talven valtavariantteja. Yleisin yksittäinen alalinja on JN.1. Viime syksynä varianttimaisemaa hallinneita XBB alalinjoja kiertää edelleen hyvin matalalla esiintyvyydellä. 

Suomen SARS-CoV-2 genomiseurannan tulokset vastaavat muualla Euroopassa havaittuja varianttitrendejä. SARS-CoV-2 viruslinjojen muuntumisen odotetaan jatkuvan uusien, väestön immuniteetin kiertämistä edesauttavien, mutaatioiden myötä.

Todettujen SARS-CoV-2 tapausten määrän ollessa hyvin pieni, perustuu myös genomiseurannan tiedot suhteellisen pieneen näytemäärään. 

WHO:n riskinarvio JN.1 muunnoksesta 09.02.2024

Sisältö

• Taulukko 1. Sekvensointitulokset, merkittävimpien alalinjojen osuus (%) tutkituista näytteistä
• Kuvaaja 1. Tartuntatautirekisteriin kirjattujen sekvensoitujen alalinjojen viikoittaiset osuudet (%) koko maassa 
• Kuvaaja 2. Tartuntatautirekisteriin kirjattujen sekvensoitujen alalinjojen kuukausittaiset osuudet (%) Uudellamaalla ja muualla Suomessa
• Kuvaaja 3. SARS-CoV-2 alalinjajakauma otosseurannassa 
• Kuvaaja 4. Pitkän aikavälin kuvaaja tartuntatautirekisteriin kirjattujen linjojen viikoittaisista lukumääristä

Taulukko 1. Sekvensointitulokset, merkittävimpien alalinjojen osuus (%) tutkituista näytteistä

Klikkaa kuva suuremmaksi (png, 85 kt). Merkittävimpien alalinjojen ajallista muutosta seurataan tehostetusti. Taulukossa esitetään alalinjojen
prosentuaaliset osuudet koko otosseurannan sekvenssiaineistossa näytteenottoviikon mukaan.

Taulukon 1 aineisto saavutettavassa taulukkomuodossa (csv, 1 kt )

Kuvaaja 1. Tartuntatautirekisteriin kirjattujen sekvensoitujen alalinjojen viikoittaiset osuudet (%) koko maassa

Klikkaa kuva suuremmaksi (png, 152 kt).  Kuvaajassa esitetään prosentuaaliset osuudet otosseurannassa havaituista merkittävimmistä alalinjoista näytteenottoviikon mukaan. Vihreäsävyiset palkit edustavat BA.2-alalinjoja ja pinkit palkit BA.5-alalinjoja. Harmaan sävyiset palkit edustavat rekombinanttialalinjoja (XBB, XBB.1.5.X, XBB.1.9.1.X, XBB.1.9.2.X, XBB.1.16.X, XBB.2.3.X, EG.5.X) ja muut viruslinjat -ryhmä käsittää alalinjat, joita ei olla määritetty edeltäviin ryhmiin. Alalinjojen .X-päätteet käsittävät koko alalinjaperheen.

Kuvaaja 2. Tartuntatautirekisteriin kirjattujen sekvensoitujen alalinjojen kuukausittaiset osuudet (%) Uudellamaalla ja muualla Suomessa

 

Kuvaajan 2 aineisto saavutettavassa taulukkomuodossa (csv, 10 kt)

Kuvaaja 3. SARS-CoV-2 alalinjajakauma otosseurannassa

Klikkaa kuva suuremmaksi (png, 158 kt). Alalinjojen prosentuaaliset osuudet viikoittaisessa sekvensointiaineistossa. Kuvaaja esittää yksilöitynä alalinjat, joista on tarkastelujaksolla 10 tai useampi havainto. Alalinjat, joista on tarkastelujaksolla vähemmän kuin 10 havaintoa, on yhdistetty valkoisessa ryhmässä ”Muu linja”. Harmaasävyiset alueet edustavat XBB alalinjoja, vihreän sävyiset alueet BA.2 alalinjoja.

Kuvaajan 3 aineisto saavutettavassa taulukkomuodossa (csv 1 kt)

Kuvaaja 4. Pitkän aikavälin kuvaaja tartuntatautirekisteriin kirjattujen linjojen viikoittaisista lukumääristä

Klikkaa kuva suuremmaksi (png, 109 kt). Pitkän aikavälin kuvaaja tartuntatautirekisteriin kirjattujen VOC (Variant of Concern-) ja rekombinanttilinjojen viikoittaisista lukumääristä sekvensointiaineistossa. Kuvaajassa esitetään varianttiaaltoja vuoden 2020 lopulta alkaen, jolloin kansallinen SARS-CoV-2 genomiseuranta aloitettiin. 

Kuvaajan 4 aineisto saavutettavassa taulukkomuodossa (csv, 84 kt)