SARS-CoV-2-koronaviruksen genomiseuranta

Päivitetty:  17.6.2024

SARS-CoV-2-virusten evoluutiota on seurattu Suomessa joulukuusta 2020 alkaen niin sanotulla kokogenomisekvensoinnilla. Kokogenomisekvenssien avulla määritetään väestössä kiertävien virusten geneettiset linjat sekä niissä esiintyvät mutaatiot.

THL vastaa Suomessa kansallisesta SARS-CoV-2 genomiseurannasta. Hyvinvointialueiden koronavirusdiagnostiikkaa tukevat laboratoriot toimittavat viikoittain otannan PCR-positiivisista näytteistä sekvensoitavaksi. Tuotettu sekvenssitieto ei sisällä henkilötietoja.

Sekvensoinnin tulokset raportoidaan tartuntatautirekisteriin sekä koosteena tälle sivulle 2–3 viikon viiveellä näytteenotosta. Sekvenssien perusteella valitaan myös viruksia THL:ssä tapahtuviin laboratoriotutkimuksiin, joissa selvitetään muun muassa viruksen kykyä kiertää immuniteettia.

Suomessa tuotettu sekvenssitieto yhdistetään SARS-CoV-2 virusten maailmanlaajuisiin tietokantoihin, joiden avulla pyritään tunnistamaan uusia ja potentiaalisesti pandeemisia alalinjoja sekä havaitsemaan alueellisia muutoksia alalinjojen esiintyvyydessä.

Sekvensointituloksiin ja Tartuntatautirekisteriin perustuvat tiedot saattavat hieman erota toisistaan johtuen raportointiviiveestä. Viimeisen raportointiviikon tulokset perustuvat usein pieneen näytemäärään ja ovat siten luotettavuudeltaan edeltäviä viikkoja heikompia.

Tilannekatsaus, kesäkuu 2024

Touko-kesäkuussa valtaosa genomiseurannassa havaituista muunnoksista oli BA.2.86-JN.1-alalinjasta polveutuvia, ns. FLiRT-muunnoksia. Useiden muunnoksien kiertäessä rinnakkain, yleisimmin havaitut ovat JN.1.18, KP.3 ja KP.2. 

JN.1 nousi Suomessa ja muualla Euroopassa valtalinjaksi alkuvuodesta 2024. JN.1 ja siitä polveutuvat alalinjat kattavat jo yli 90 prosenttia maailmalla raportoiduista muunnoksista. Tällä hetkellä kiertäville FLiRT-muunnoksille yhteistä on niiden piikkiproteiinimutaatiot, joita on esiintynyt myös aiemmin kiertäneissä muunnoksissa. WHO:n tämänhetkisen arvion mukaan, kiertävät koronavirusmuunnokset eivät merkittävästi poikkea vaikuttavuudessaan väestön terveyteen, verrattuna aiempiin muunnoksiin.

Suomen SARS-CoV-2 genomiseurannan tulokset vastaavat muualla Euroopassa havaittuja varianttitrendejä. SARS-CoV-2 viruslinjojen muuntumisen odotetaan jatkuvan uusien, väestön immuniteetin kiertämistä edesauttavien, mutaatioiden myötä.

Todettujen SARS-CoV-2 tapausten määrän ollessa hyvin pieni, perustuu myös genomiseurannan tiedot suhteellisen pieneen näytemäärään. 

WHO:n riskinarvio JN.1 muunnoksesta 15.04.2024

Sisältö

Kuvaaja 1. SARS-CoV-2 alalinjajakauma otosseurannassa

Kuvaaja 1. sisältö linkitetty alle saavutettavassa taulukkomuodossa.
Klikkaa kuva suuremmaksi (png, 243 kt).Yksilöityjen alalinjojen prosentuaaliset osuudet viikoittaisessa sekvensointiaineistossa, seitsemän viikon seurantajaksolla. Tiedot perustuvat suhteellisen pieneen, 7-30 sekvenssin viikoittaiseen aineistoon.

Kuvaajan 1 aineisto saavutettavassa taulukkomuodossa (csv 10,2 kt)

Kuvaaja 2. Pitkän aikavälin kuvaaja tartuntatautirekisteriin kirjattujen linjojen viikoittaisista lukumääristä

Kuvaaja 2. sisältö linkitetty alle saavutettavassa taulukkomuodossa.
Klikkaa kuva suuremmaksi (png, 106 kt). Pitkän aikavälin kuvaaja tartuntatautirekisteriin kirjattujen VOC (Variant of Concern-) viikoittaisista lukumääristä sekvensointiaineistossa. Kuvaajassa esitetään varianttiaaltoja vuoden 2020 lopulta alkaen, jolloin kansallinen SARS-CoV-2 genomiseuranta aloitettiin. Vaaleanvihreät palkit edustavat BA.2-alalinjoja, tummanvihreät palkit BA.2.86-alalinjoja (käsittäen JN.1 ja KP-muunnokset), oranssit palkit BA.4-alalinjoja, pinkit palkit BA.5-alalinjoja, mustat palkit XBB-rekombinanttialalinjoja ja harmaat palkit muita viruslinjoja, joita ei olla määritetty edeltäviin ryhmiin. Alalinjojen .X-päätteet käsittävät koko alalinjaperheen.

Kuvaajan 2 aineisto saavutettavassa taulukkomuodossa (csv, 10,2 kt)