M. tuberculsosi kompleksin genotyypitys

Kaikista M. tuberculosis kompleksin kannoista (M. bovis BCG poislukien) tehdään genotyypitys TB:n epidemiologista seurantaa varten. 

Pyydettäessä genotyypitys voidaan tehdä nopeutetusti esimerkiksi tartunnanjäljitystä varten tai laboratoriokontaminaatiota epäiltäessä. 

Tutkimus tehdään vuoden 2018 kannoista lähtien kokogenomisekvensointi (WGS)-pohjaisilla menetelmillä. Sitä vanhemmat kannat on tyypitetty spoligotyypitys- ja MIRU-VNTR -menetelmillä.

WGS-analyysit 

WGS-dataa voidaan käyttää monenlaisiin analyyseihin. Tällä hetkellä kantojen ryvästyminen analysoidaan Ridom SeqSphere cgMLST -ohjelmalla ja kannan spoligotyyppi ennustetaan Spotyping-ohjelmalla. 

Lisäksi kannan sekvenssistä voidaan löytää kannan mahdolliset resistenssimutaatiot, tähän käytämme tällä hetkellä PhyResSE-sovellusta.

Kontaktinjäljitys

Kontaktinjäljityksessä tutkittavan kannan cgMLST-tulosta verrataan epäillyn indeksipotilaan tai muun TB-kontaktin kannan genotyyppiin. Genotyyppiä verrataan myös Suomessa eristettyjen TB-kantojen genotyyppikirjastoon, joka on tällä hetkellä WGS:n osalta puutteellinen. 

Vanhempien kantojen spoligotyyppejä ja uusien kantojen WGS-datasta ennustettuja spoligotyyppejä voidaan kuitenkin vertailla ja arvioida alustavasti, voivatko kannat olla lähisukulaisia, vaikkei vanhemmalle kannalle olisi tehty kokogenomisekvensointia. 

Sama genotyyppi ei aina tarkoita, että potilaiden välillä olisi suora epidemiologinen yhteys tai että kyseessä olisi tuore tartunta. Tietyt tuberkuloosiklusterit ovat levinneet eri puolille Suomea/maailmaa ja tartuntareitit saattavat jäädä epäselviksi. 

Ikääntyneellä potilaalla saattaa olla myös vuosikymmeniä aiemmin saadun TB-tartunnan reaktivaatio, ja näitä saattaa ilmetä yhtäaikaisesti eri puolilla Suomea.