Mykobakteerien lajimääritys

Lajitunnistus

Haponkestävää sauvaa sisältävän viljelmän lajitunnistus tehdään ensisijaisesti kaupallisella nukleiinihappohybridisaatiotestillä (HainGenoType® Mycobacterium CM). 

Tarvittaessa tunnistusta jatketaan lisää lajeja tunnistavalla nukleiinihybridisaatiotestillä (HainGenoType® Mycobacterium AS). 

Edellä mainituilla testeillä tunnistamattomaksi jääneet NTM:t (non-tuberculous mycobacteria) tunnistetaan sekvensoimalla 16S rRNA-PCR-tuote (sekvensointireaktioiden ajo alihankintana FIMM-sekvensointilaboratoriossa).

Mycobacterium tuberculosis complex -lajinvarmistus

Suomessa pyratsiiniamidille herkät M. tuberculosis kompleksin kannat ovat useimmiten M. tuberculosis-kantoja.

Lisäksi M. tuberculosis-kompleksin kannoista voidaan tunnistaa lajitasolle kaupallisella nukleiinihappohybridisaatiotestillä (Hain GenoType® Mycobacterium MTBC): 

• M. tuberculosis
• M. bovis 
• M. bovis BCG
• M.africanum 
• M.microti.

Lopullinen M. tuberculosis kompleksin lajinvarmistus saadaan genotyypityksellä. 

Maksullisten määritysten hinnasto

Mykobakteerien lääkeresistenssin pikamääritykset

HainGenoType® Mycobacterium CM -testi tunnistaa seuraavat mykobakteerit:

• M. abscessus
• M. avium ssp.
• M. chelonae
• M. fortuitum 1
• M. fortuitum 2
• M. gordonae
• M. intracellulare
• M. interjectum
• M. kansasii
• M. malmoense
• M. marinum
• M. peregrinum
• M. scrofulaceum
• M. tuberculosis complex
• M. xenopi

HainGenoType® Mycobacterium AS -testi tunnistaa seuraavat mykobakteerit:

• M. simiae
• M. mucogenicum
• M. goodii
• M. celatum
• M. smegmatis
• M. genavense
• M. lentiflavum
• M. heckeshornense
• M. szulgai
• M. intermedium
• M. phlei
• M. haemophilum
• M. kansasii
• M. ulcerans
• M. gastri
• M. asiaticum
• M. shimodei

Tunnistusvastaus

Alustava tunnistusvastaus annetaan viikon sisällä näytteen saapumisesta mykobakteerilaboratorioon. 

Lopullinen tunnistustulos vastataan herkkyystulosten yhteydessä noin kolmen viikon kuluttua näytteen saapumisesta.

Virhelähteet

Määritysten virhelähteitä ovat 

• kannan epäpuhtaus
• näytteen niukkuus
• testien herkkyys
• PCR-tuotteen virheet.