Genotypning av M. tuberculosis-komplexet

Genotypning utförs på alla stammar i M. tuberculosis-komplexet (förutom M. bovis BCG) för den epidemiologiska övervakningen av tuberkulos.

På begäran kan genotypning utföras snabbare till exempel för smittspårning eller vid misstanke om laboratoriekontaminering.

Sedan 2018 görs undersökningen med metoder baserade på helgenomsekvensering (WGS). Stammar som är äldre än så har typats med spoligotypnings- och MIRU-VNTR-metoderna.

WGS-analyser

WGS-data kan användas till många slags analyser. För närvarande analyseras stamkluster med programmet Ridom SeqSphere cgMLST och stammens spoligotyp predikteras med programmet Spotyping.

I stamsekvensen kan man dessutom hitta stammens eventuella resistensmutationer och i detta syfte använder vi för närvarande applikationen PhyResSE.

Smittspårning

Vid smittspårning jämförs cgMLST-resultatet för den undersökta stammen med genotypen hos den misstänkta indexpatienten eller en annan TB-kontakt. Genotypen jämförs även med genotypbiblioteket av TB-stammar som isolerats i Finland. Biblioteket är för närvarande bristfälligt i fråga om WGS.

Äldre stammars spoligotyper och de spoligotyper som predikterats ur WGS-data från nyare stammar kan dock jämföras. Man kan göra en preliminär bedömning av om stammarna kan vara närbesläktade även om helgenomsekvensering inte skulle ha utförts på den äldre stammen.

Samma genotyp innebär inte alltid att det finns ett direkt epidemiologiskt samband mellan patienterna eller att det är fråga om nylig smitta. Vissa tuberkuloskluster har spridit sig till olika delar av Finland/världen och smittvägarna kan förbli oklara.

Äldre patienter kan dessutom ha en reaktivering av en TB-smitta som överförts för flera årtionden sedan och dessa kan uppträda samtidigt på olika håll i Finland.