Artbestämning av mykobakterier

Artbestämning

Artbestämning av odlingar som innehåller syrafasta stavar utförs i första hand med ett kommersiellt nukleinsyra-hybridieringstest (HainGenoType® Mycobacterium CM).

Vid behov fortsätter identifieringen med ett nukleinsyra-hybridieringstest som kan identifiera ytterligare arter (HainGenoType® Mycobacterium AS).

Icke-tuberkulösa mykobakterier, NTM (non-tuberculous mycobacteria), som förblivit oidentifierade med tidigare nämnda tester, identifieras genom sekvensering av produkten 16S rRNA-PCR (körning av sekvenseringsreaktioner utförs på entreprenad av sekvenseringslaboratoriet FIMM).

Artbestämning av Mycobacterium tuberculosis complex

I Finland är stammarna i M. tuberculosis-komplexet som är känsliga för Pyrazinamid oftast M. tuberculosis-stammar.

Av stammarna i M. tuberculosis-komplexet kan följande stammar dessutom identifieras på artnivå med ett nukleinsyra-hybridieringstest (Hain GenoType® Mycobacterium MTBC):

• M. tuberculosis
• M. bovis
• M. bovis BCG
• M. africanum
• M. microti.

Den slutliga artbestämningen av M. tuberculosis-komplexet fastställs med genotypning.

Prislista över avgiftsbelagda bestämningar

Snabbtest av mykobakteriers läkemedelsresistens

Testet HainGenoType® Mycobacterium CM identifierar följande mykobakterier:

• M. abscessus
• M. avium ssp.
• M. chelonae
• M. fortuitum 1
• M. fortuitum 2
• M. gordonae
• M. intracellulare
• M. interjectum
• M. kansasii
• M. malmoense
• M. marinum
• M. peregrinum
• M. scrofulaceum
• M. tuberculosis complex
• M. xenopi

Testet HainGenoType® Mycobacterium AS identifierar följande mykobakterier:

• M. simiae
• M. mucogenicum
• M. goodii
• M. celatum
• M. smegmatis
• M. genavense
• M. lentiflavum
• M. heckeshornense
• M. szulgai
• M. intermedium
• M. phlei
• M. haemophilum
• M. kansasii
• M. ulcerans
• M. gastri
• M. asiaticum
• M. shimodei

Identifieringssvar

Ett preliminärt identifieringssvar lämnas inom en vecka från det att provet kommit in till mykobakterielaboratoriet.

Det slutliga identifieringsresultatet lämnas tillsammans med känslighetsresultaten ungefär tre veckor efter att provet kommit in till laboratoriet.

Felkällor

Felkällor till bestämningarna är

• orena stammar
• otillräckligt prov
• testernas känslighet
• fel i PCR-produkten.