MERS-koronaviruksen laboratoriotutkimukset

Mikrobiologiset tutkimukset MERS-koronavirus (MERS-CoV; vanha nimi nCov-EMC) -epäilyssä

Spesifistä MERS-koronavirus -diagnostiikkaa tulee pyytää ainoastaan infektiolääkärin konsultaation jälkeen.

Suositeltavat MERS-koronaviruksen mikrobiologiset tutkimukset

Diagnostisen laboratorion kliinisen mikrobiologian yksiköiltä tulee selvittää diagnostiikan valmiudet ennen näytteiden lähettämistä.

MERS-koronaviruksen (hCov-EMC) RNA-osoitus (pyyntö ZoonNhO, KL nro 20857)

MERS-koronaviruksen RNA-osoitustutkimuksia varten otetaan aina rinnakkaiset näytteet, jotka toimitetaan THL:n asiantuntijamikrobiologian yksikköön virologian laboratorioon. 

Ennen näytteiden lähettämistä on ehdottomasti oltava yhteydessä THL:n virologian laboratorioon. Yhteydenottotiedot ohjeen lopussa.

Diagnostiset näytteet tulisi ottaa ensisijaisesi alemmista hengitysteistä (BAL- tai yskösnäyte).

Virusviljelytutkimukset, myös erotusdiagnostiset virusviljelyt, tulee tehdä vain turvaluokka 3:n (BSL-3) kriteerit täyttävissä laboratorioissa. MERS-positiivisista virusviljelmistä toimitetaan näyte THL:lle.

Virusviljelyn turvatasovaatimukset

Tapauskohtaisesti infektiolääkärin konsultaation perusteella voidaan tehdä muita erotusdiagnostisia määrityksiä kuten esim.

1. Veriviljely x 2 (B-BaktVi, KL nro 1153)

2. Nenänielutikku-, yskös- tai nenänieluimunäytteestä

- Respiratoristen virusantigeenien osoitus (- RvirAg, KL nro 2579). Saatavilla ainoastaan päivystystutkimuksena.
- Geenimonistustutkimukset:

• Respiratoriset virukset, nukleiinihappo (kval, RVirNhO, KL nro 20956)
• Influenssa A, B ja RSV, nukleiinihappo (kval, InABRSV, KL nro 21373). 
• Influenssa A -virus, variantti, nukleiinihappo (kval, InfvNhO, KL nro 6133)
• Pikornavirus, nukleiinihappo (kval, PicoNhO, KL nro 1917)
• Mycoplasma pneumoniae, nukleiinihappo (kval, MypnNhO, KL nro 4439)
• Chlamydia pneumoniae, nukleiinihappo (kval, ChpnNhO, KL nro 4384)
• Mycoplasma pneumoniae ja Chlamydia pneumoniae, nukleiinihappo (kval) ja Mycoplasma pneumoniae-herkkyys (MyHeCp, KL nro 21356)

3. Virtsanäyte

• virtsan Legionella-antigeeni (U-LepnAg, KL nro 4632)
• virtsan pneumokokkiantigeeni (U-StpnAg, KL nro 8291)

4. Seeruminäyte akuutissa ja toipilasvaiheessa (pariseerumit 14 vrk:n välein)

• virusvasta-aineet (S-VirAb, KL-nro 2967)
• Mycoplasma pneumoniae vasta-aineet (S-MypnAb, KL nro 2367)
• Chlamydia vasta-aineet (S-ChlaAb, KL nro 2060)
• Legionella vasta-aineet (S-LegiAb, KL nro 2205)

5. Ulostenäyte

• virusviljely x 1 (-VirVi, KL nro 2975)

6. Muita harkinnanvaraisia laboratoriotutkimuksia:

• Malariaplasmodit (B-Plas-O, KL nro 2315) aina malaria-alueilta tulevalta kuumeilevalta potilaalta
• Q-kuume vasta-aineet (S-CobuAb, KL nro 2557)
• Salmonella-vasta-aineet (S-SalmAb, KL nro 2607)
• Legionellaviljely (-LegVi, KL nro 2206) ja – värjäys (-LepnVr, KL nro 3219)

Näytteiden otto, pakkaaminen ja kuljetus

Näytteenottajat suojautuvat samalla tavalla kuin muu henkilökunta. Respiratoriset näytteet otetaan hoitoyksikössä.

Katso tarkemmin kohdat:

Infektioiden ehkäisy- ja torjuntaohjeita

Tavanomaiset varotoimet ja varotoimiluokat

Näytteenotto-ohjeet

ENSISIJAINEN NÄYTE:

Yskös- tai BAL-näyte: Näytteeksi tarvitaan 2 ml ysköstä tai BAL-näytettä. Näyte lähetetään sellaisenaan suljettuna kierrekorkilliseen tehdaspuhtaaseen putkeen/purkkiin. Näyte säilyy 1‒3 vuorokautta jääkaapissa.

TOISSIJAINEN NÄYTE:

Mikäli yskös-tai BAL-näytteen ottaminen ei ole mitenkään mahdollista, tutkimus voidaan tehdä nenänieluimu- tai nenänielutikkunäytteestä. 

Jos tutkimus halutaan tehtäväksi useammasta eri näytelaadusta, tulee ne lähettää laboratorioon samanaikaisesti. Jokaiselle näytelaadulle tulee olla oma ZoonNhO -pyyntö.

Nenänieluimunäyte:

• Kostuta sieraimia tarvittaessa noin 2 ml keittosuolalla. 
• Työnnä imuun kytketyn limanäyteputken letku nenän kautta nenänieluun ja ime näyteputkeen limaa molemmista sieraimista. 
• Lähetä imulimanäyte (2 ml) sellaisenaan limankeruuputkessa, mieluiten saman päivän aikana. Näyte säilyy 1‒3 vuorokautta jääkaapissa.

Nenänielutikkunäyte:

• Työnnä näytteenottotikku (mieluiten nylon tai dacron-tikku ns. nukkatikku) alaviistoon nenänpohjaa pitkin sieraimeen noin 12‒15 cm syvyyteen (syvyys mitataan etukäteen, sierain-korvanipukka; aikuisilla aina >10 cm, alle 2-vuotiailla lapsilla 6‒7 cm)
• Hankaa limakalvoja kiertoliikkeellä siten, että tikkuun tarttuu limakalvolta irronneita soluja.
• Jos potilas on vuotoherkkä tai tilanne muuten niin vaatii, voit ottaa tikkunäytteen sieraimesta 3‒5 cm:n syvyydestä ja erillisellä tikulla nielukaarista. 
• Molemmat tikut voi katkaista samaan kuljetusnestettä (esim. steriili keittosuola tai viruselatusaine) sisältävään putkeen. 
• Edellä mainittuja viruskuljetusputkia on saatavana myös kaupallisina, esim. Copan® UTM (Universal transport medium).  
• HUOM! bakteerinäytteille tarkoitettuja kuljetusputkia (esim. geeliputkia) ei voi käyttää virusdiagnostisten näytteiden kuljetukseen.

Näytteiden pakkaaminen

• Pakkaa näytteet tartuntavaarallisten näytteiden tapaan, huomioiden voimassaolevat toimintaohjeet. 
• Aseta kukin näyteputki muoviseen kierrekorkilliseen kuljetuskoteloon, kääri se selluloosavanuun, ja laita muoviseen salpapussiin. 
• Kiinnitä tartuntavaaraa ilmaiseva keltainen kolmiotarra näyteputkeen, salpapussin päälle ja lähetteeseen. 
• Laita salpapusseihin merkintä ”MERS-epäily”. 
• Aseta salpapussi erilliseen lähetyslaatikkoon ja sijoita lähete näytepakkaukseen muovisen salpapussin ulkopuolelle mielellään omaan pussiin. Tiiviitä näytteenkuljetuskoteloita on saatavilla sairaala- ja laboratorio-tarvikkeiden toimittajilta. 
• HUOM! Myös erotusdiagnostiset näytteet tulee pakata ja merkitä samaan tapaan, niin kauan kuin epäily on voimassa. Näytekuljetuslaatikon päälle tulee merkitä selkeästi ”INFEKTIOHÄLYTYS”.

Näytteiden kuljetukset laboratorioon

Näytteet tulisi toimittaa tutkittavaan laboratorioon kylmäkuljetuksena (+4°C). 

Kuljetusviiveen minimoimiseksi näytteet tulisi lähettää tutkivaan laboratorioon ja THL:lle erityisjärjestelyin (pikakuriirikuljetus tai taksikuljetus). 

Postitse lähettämistä ei suositella. 

Sairaalan sisäisistä näytekuljetuksista ohjeita antavat asianomaiset yksiköt.

Lisätietoja

THL, Terveysturvallisuusosasto (virka-aikana)

Niina Ikonen puh. 029 524 8413
Carita Savolainen-Kopra puh. 029 524 8884
Jussi Sane puh. 029 524 7406
THL/tartuntatautilääkäri puh. 029 524 8557

HUSLAB

Hannimari Kallio-Kokko, sairaalamikrobiologi, puh. 050 427 0476
Laura Mannonen, sairaalamikrobiologi, puh. 040 838 4009
Maija Lappalainen, ylilääkäri, puh. 040 838 4004
Viruslaboratorio (PCR-tutkimukset), puh. 050 427 2127

Tiedustelut päivystysaikana (arkisin klo 15.00–7.00 ja viikonloppuisin):
HUSLAB/Virologian etupäivystäjä puh. 040 837 4010 tai puh. 040 837 4011
HUS:n päivystävä infektiolääkäri puh. (09) 4711