Itseilmoitetut koronaoireet Suomessa (COVID-19)

THL julkaisee Omaolo-palvelun itseilmoitettuja koronaoireita koskevaa tietoa THL:n avoimen datan rajapinnan kautta.

• Tilastokuution käyttöliittymäLinkki toiselle sivustolleAvautuu uudessa välilehdessä
• Käyttöliittymän ohjeet

Rajapinnan osoite: https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/omaolosymp/fact_epirapo_omaolosymp.json

Aineiston aihealue: epirapo

Aineiston nimi: omaolosymp

• THL:n avoimen datan rajapinnan kuvausLinkki toiselle sivustolleAvautuu uudessa välilehdessä
• THL:n avoimen datan lisenssiLinkki toiselle sivustolleAvautuu uudessa välilehdessä

Uutta 20.8.2020 julkaistussa versiossa

Lisätty uudet oireilmoitus -mittarit

• n_omaolo_yska
• n_omaolo_kkkipu
• n_omaolo_kuume
• n_omaolo_hengvaik
• n_omaolo_psarky
• n_omaolo_oksentelu
• n_omaolo_lkipu
• n_omaolo_hajuaistinheikkeneminen

Lisätty Ilmoitusten kokonaismäärä -mittari: n_omaolo_kaikki
Mittarin Ilmoitusten lukumäärä (n_omaolo_tt2) kuvausta tarkennettu koskemaan erityisesti kiireellisiä hoitoonohjaussuosituksia. Mittarin sisältö säilyy muuttumattomana.

Aineiston kuvaus

Aineisto sisältää OmaOlo-palveluun kansalaisten itse ilmoittamia tietoja. Tiedot on saatu OmaOlo-palvelun COVID-19- oirearviosta kansalaisten raportoimien tietojen perusteella.

Aineistossa esitetään tietoja oireista, joita vastaaja on ilmoittanut OmaOlo-palveluun halutessaan selvittää, liittyvätkö ne COVID-19-tautiin, sisältäen myös sellaiset ilmoitukset, joista Omaolo-palvelu ei ole suositellut hakeutumista terveydenhuoltoon. Oireet ovat: yskä, kurkkukipu, kuume, hengitysvaikeudet, päänsärky, oksentelu ja ripuli, lihaskipu sekä hajuaistin heikkeneminen. Yksittäinen vastaaja on voinut ilmoittaa samassa ilmoituksessa useampia oireita.

Lisäksi aineistossa esitetään tietoja ilmoitusten määristä, joissa OmaOlo-palvelu on suositellut käyttäjälle kiireellistä hakeutumista terveydenhuoltoon ilmoittamiensa oireiden perusteella sekä kaikkien oireilmoitusten kokonaismäärästä.

Tietoa OmaOlo-palvelustaLinkki toiselle sivustolleAvautuu uudessa välilehdessä

Tarkasteltavat yhdistelmät

Aineistosta on mahdollista tarkastella aikasarjoja OmaOlo-palveluun tulleiden oireilmoitusten lukumääristä. Aikasarjat ovat saatavilla alueellisesti ja ikäryhmittäin, viikon tai päivän tarkkuudella. Ikäryhmittäiset aikasarjat ovat saatavilla päivätasolla sairaanhoitopiireittäin.

Ilmoitusten nykytilanteen mukaiset kokonaislukumäärät ovat saatavilla kunnittain. Kunnittain alle 5 ilmoituksen lukumääriä ei raportoida.

Rajapinnan kautta voi hakea tiedot joko CSV- tai JSON-stat -muodossa. Aineisto tarjoaa vain rajatun joukon mahdollisia tarkasteluja, lukumääriä ei tarjota kaikkien dimensioiden mukaan jaoteltuna. Lisätietoja esimerkeissä.

Haettavia yhdistelmiä voi helpoiten tarkastella tilastokuution käyttöliittymän kautta: https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/covid19case/fact_epirapo_covid19case

Dimensiot ja mittarit

Dimensiot

Aika: viikko, päivä (vuosille 2020-2021)

• id: dateweek20200101
• juuri:  509030 (Kaikki ajat)

Alue: Sairaanhoitopiiri, Kunta

• id: hcdmunicipality2020
• juuri: 445222 (Kaikki alueet)

Ikäryhmä: 10-vuotisikäryhmät 0-80+

• id: ttr10yage
• juuri: 444309 (Kaikki ikäryhmät)

Mittarit

• Ilmoitusten lukumäärä

Mittarin kuvaus (tekninen nimi sulkeissa)

• llmoitusten lukumäärä, joissa kiireellinen hoitoonohjaus (n_omaolo_tt2)
• Ilmoitusten kokonaismäärä (n_omaolo_kaikki)
• Yskä (n_omaolo_yska)
• Kurkkukipu (n_omaolo_kkkipu)
• Kuume > 37,5 C (n_omaolo_kuume)
• Hengitysvaikeudet (n_omaolo_hengvaik)
• Päänsärky (n_omaolo_psarky)
• Oksentelu ja ripuli (n_omaolo_oksentelu)
• Lihaskipu (n_omaolo_lkipu)
• Hajuaistin heikkeneminen (n_omaolo_hajuaistinheikkeneminen)

Esimerkkejä

Kaikki kiireellisen hoitoonohjauksen sisältävät ilmoitukset jaoteltuna iän mukaan:
https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/omaolosymp/fact_epirapo_omaolosymp.json?column=ttr10yage-444309&filter=measure-452216

Kaikki ilmoitukset jaoteltuna sairaanhoitopiireittäin:
https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/omaolosymp/fact_epirapo_omaolosymp.json?column=hcdmunicipality2020-445222&filter=measure-460489

Kaikki yskän sisältävät ilmoitukset jaoteltuna kunnittain:
https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/omaolosymp/fact_epirapo_omaolosymp.json?column=hcdmunicipality2020-445268L&filter=measure-460491

Kaikki ilmoitukset jaoteltuna päivämäärän mukaan:
https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/omaolosymp/fact_epirapo_omaolosymp.json?column=dateweek20200101-508804L&filter=measure-460489

Kaikki ilmoitukset jaoteltuna viikon ja sairaanhoitopiirin mukaan:
https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/omaolosymp/fact_epirapo_omaolosymp.json?row=dateweek20200101-509030L&column=hcdmunicipality2020-445222&filter=measure-460489

Rajapinnan logiikka 

Rajapinta pohjautuu dimensioihin, jotka muodostavat id- ja juuri- (eli sid) -parin. Näistä id on tekstiä ja juuri numerosarja. Näiden erottimena käytetään väliviivaa (-).

JSON-muodossa listaus kaikista käytettävissä olevista id-juuri-pareista löytyy osoitteesta: 
https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/omaolosymp/fact_epirapo_omaolosymp.dimensions.json

Varsinainen data löytyy tällä kaavalla:
https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/omaolosymp/fact_epirapo_omaolosymp.json?row=<id1>-<sid1>&column=<id2>-<sid2>

Kaavaan voi lisätä tarvittavan määrän id-juuri-pareja rivi- ja sarake-muuttujille. Saatavilla olevien mittareiden määrä saadaan kirjoittamalla riville parametriksi:
id on dateweek20200101 ja sid on 509030.

Mittareille vastaavasti saadaan:
id on measure ja sid on 141082.

Yhdistämällä nämä äskeiseen saadaan: 
https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/omaolosymp/fact_epirapo_omaolosymp.json?row=dateweek20200101-509030&column=measure-141082

Mikäli halutaan mukaan lisää dimensioita, se onnistuu lisäämällä rivi- ja/tai sarake-dimensioita.

Jos halutaan esimerkiksi äskeiseen lisäksi sairaanhoitopiirit, sairaanhoitopiirien id ja sid ovat hcdmunicipality2020 ja 445222. Näin saadaan: 
https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/omaolosymp/fact_epirapo_omaolosymp.json?row=dateweek20200101-509030&row=hcdmunicipality2020-445222&column=measure-141082

Mikäli jostain dimensiosta ei haluta kaikkia tietoja, voidaan niitä myös rajoittaa filter-komennolla.

Otetaan edellä oleva esimerkki vain 20–30 -vuotiaista. Tällöin perään lisätään &filter=ttr10yage-444254 eli saadaan:
https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/omaolosymp/fact_epirapo_omaolosymp.json?row=dateweek20200101-509030&column=measure-141082&filter=ttr10yage-444254

JSON-muodon lisäksi rajapinnan kautta on mahdollista hakea data myös CSV-muodossa. Tämä tapahtuu yksinkertaisesti korvaamalla osoitteesta "json" "csv":llä. Ensimmäinen esimerkki CSV-muodossa: 
https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/omaolosymp/fact_epirapo_omaolosymp.csv?row=dateweek20200101-509030&column=measure-141082

Huomaa! Jos käytetään niin montaa dimensioita, että tietoa ei voida esittää esimerkiksi yksityisyydensuojasyistä, rajapintahaku ei tuota virheilmoitusta, vaan se palauttaa loogisesti oikean rakenteen, mutta sen tietosisältö on tyhjä.

Lisätietoa

• JSON-stat -muotoLinkki toiselle sivustolleAvautuu uudessa välilehdessä 
• JSON-stat -muodon käsittelyyn tarkoitettu ohjelmistokirjastoLinkki toiselle sivustolleAvautuu uudessa välilehdessä

Käyttötapausesimerkki: Rajapinnan lukeminen R-kielellä

# Paketti datan editoimiseen ja visualisointiin
library(tidyverse)

# Paketti aineiston lukemiseen
library(jsonlite)

# Luetaan aineisto rajapinnasta
aineisto <- fromJSON("https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/omaolosymp/fact_epirapo_omaolosymp.json?column=ttr10yage-444309")

# puretaan dimension nimet ja tunnisteet
label <- as.data.frame(unlist(aineisto$dataset$dimension$ttr10yage$category$label))
index <- as.data.frame(unlist(aineisto$dataset$dimension$ttr10yage$category$index))

# Nimetään tunnisteet
names(label) <- "label"
names(index) <- "index"

# Muodostetaan tunnisteista sarake, jolla mittarin arvot voidaan yhdistää dimensioiden tietoihin
label <- rownames_to_column(label)
index <- rownames_to_column(index)

# Yhdistetään rivinimeä käyttäen
kategoriat <- index %>% left_join(label, by = "rowname")

# Muodostetaan data frame, jossa sarakkeena mittarin arvot
data <- as.data.frame(unlist(aineisto$dataset$value))

# Nimetään data frame ja muodostetaan tunnistava sarake
names(data) <- "Oireilmoituksien lukumäärä"
data <- rownames_to_column(data)
data$rowname <- as.numeric(data$rowname)

#Yhdistetään tunnisteella muuhun aineistoon
dataset <- kategoriat %>% left_join(data, by = c("index"="rowname"))

Yhteystiedot

Yhteydenotot ja kyselyt koskien avointa COVID-19 -aineistoa:
epidemia.avoindata(at)thl.fi

Palaute THL:n kuutiokäyttöliittymästä ja avoimen datan rajapinnasta:
tietojarjestelmat(at)thl.fi

Muiden THL:n avoimien aineistojen yhteystiedot