Analyysivalikoima

Adenovirukset eristetään talous- ja luonnonvesinäytteistä suodattamalla vesinäyte positiivisesti varatun suodattimen läpi.

Tarvittaessa näytteelle tehdään esisuodatus. Suodattimelta eluoidaan virukset korkean pH:n omaavaan puskuriin. Suuren tilavuuden (DEUF) vesinäytteiden osalta patruuna eluoidaan laboratoriossa ja eluaatti konsentroidaan polyetyleeniglykoli (PEG) -saostusta käyttäen. Jätevesinäyte konsentroidaan tarvittaessa joko PEG-saostusta tai  kaksifaasi-erotusmenetelmää käyttäen. Konsentraateista eristetään DNA ja adenoviruksille spesifinen osa DNA:sta monistetaan käyttäen ns. Real Time -PCR-analytiikkaa.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

Hepatiitti A -virukset eristetään talous- ja luonnonvesinäytteistä suodattamalla vesinäyte positiivisesti varatun suodattimen läpi.

Tarvittaessa näytteelle tehdään esisuodatus. Suodattimelta eluoidaan virukset korkean pH:n omaavaan puskuriin. Suuren tilavuuden (DEUF) vesinäytteiden osalta patruuna eluoidaan laboratoriossa ja eluaatti konsentroidaan polyetyleeniglykoli (PEG) -saostusta käyttäen. Jätevesinäyte konsentroidaan tarvittaessa joko PEG-saostusta tai kaksifaasi-erotusmenetelmää käyttäen. Konsentraateista eristetään RNA, ja Hepatiitti A -viruksille spesifinen osa RNA:sta monistetaan käänteiskopiointi-PCR-menetelmällä (RT-PCR) käyttäen ns. Real Time -PCR-analytiikkaa.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

Norovirukset eristetään talous- ja luonnonvesinäytteistä suodattamalla vesinäyte positiivisesti varatun suodattimen läpi.

Tarvittaessa näytteelle tehdään esisuodatus. Suodattimelta eluoidaan virukset korkean pH:n omaavaan puskuriin. Suuren tilavuuden (DEUF) vesinäytteiden osalta patruuna eluoidaan laboratoriossa ja eluaatti konsentroidaan polyetyleeniglykoli (PEG) -saostusta käyttäen. Jätevesinäyte konsentroidaan tarvittaessa joko PEG-saostusta tai  kaksifaasi-erotusmenetelmää käyttäen. Konsentraateista eristetään RNA ja noroviruksille spesifinen osa RNA:sta monistetaan käänteiskopiointi-PCR-menetelmällä (RT-PCR) käyttäen ns. Real Time -PCR-analytiikkaa.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

Rotavirukset eristetään talous- ja luonnonvesinäytteistä suodattamalla vesinäyte positiivisesti varatun suodattimen läpi.

Tarvittaessa näytteelle tehdään esisuodatus. Suodattimelta eluoidaan virukset korkean pH:n omaavaan puskuriin. Suuren tilavuuden (DEUF) vesinäytteiden osalta patruuna eluoidaan laboratoriossa ja eluaatti konsentroidaan polyetyleeniglykoli (PEG) -saostusta käyttäen. Jätevesinäyte konsentroidaan tarvittaessa joko PEG-saostusta tai  kaksifaasi-erotusmenetelmää käyttäen. Konsentraateista eristetään RNA ja rotaviruksille spesifinen osa RNA:sta monistetaan käänteiskopiointi-PCR-menetelmällä (RT-PCR) käyttäen ns. Real Time -PCR-analytiikkaa.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

Sapovirukset eristetään talous- ja luonnonvesinäytteistä suodattamalla vesinäyte positiivisesti varatun suodattimen läpi.

Tarvittaessa näytteelle tehdään esisuodatus. Suodattimelta eluoidaan virukset korkean pH:n omaavaan puskuriin. Suuren tilavuuden (DEUF) vesinäytteiden osalta patruuna eluoidaan laboratoriossa ja eluaatti konsentroidaan polyetyleeniglykoli (PEG) -saostusta käyttäen. Jätevesinäyte konsentroidaan tarvittaessa joko PEG-saostusta tai  kaksifaasi-erotusmenetelmää käyttäen. Konsentraateista eristetään RNA ja sapoviruksille spesifinen osa RNA:sta monistetaan käänteiskopiointi-PCR-menetelmällä (RT-PCR) käyttäen ns. Real Time -PCR-analytiikkaa.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

Bakteerikantojen tunnistamiseen voidaan käyttää muun muassa biokemiallisia sokerisarjoja, kuten API-testejä (Biomerieux), polymeraasiketjureaktiota (PCR), Maldi-TOF-menetelmää sekä 16S rRNA:n sekvensointia.

Lajitunnistusta ei ole akkreditoitu.

Legionellabakteereja tutkitaan vesinäytteistä sekä kiinteämmistä näytemateriaaleista, kuten esimerkiksi lietteestä, mullasta tai kompostista. Määritys voidaan tehdä myös pyyhkäisynäytteestä.

Legionellabakteerit määritetään näytteistä standardin SFS-EN ISO 11731:2017 (Water quality. Enumeration of Legionella) mukaisella viljelymenetelmällä.

Puhtaimman laadun näytevedet (Matriisi A) analysoidaan standardimenetelmällä niin, että näytettä konsentroidaan. Vähän likaisemmat näytevedet, kuten jäähdytysvesi ja prosessivesi analysoidaan standardin Matriisi B:n vaiheilla, johon kuuluu konsentroinnin lisäksi laimennus. Likaisimmat näytteet, kuten jätevesi, liete ja multamaiset näytteet, analysoidaan standardin Matriisi C:n ja osin Matriisi B:n vaiheilla, joihin sisältyy laimennus ennen muita käsittelyjä. Pyyhkäisynäytteet analysoidaan standardin liitteen mukaisesti (Annex I).

Legionellalöydökset tyypitetään sakkaustestillä Legionella pneumophila -lajin seroryhmiin 1, 2–14 ja muihin Legionella-lajeihin. Menetelmässä käytetään muiden mikrobien kasvun estämiseen antibiootteja, happopesua ja lämpökäsittelyä. Legionellapesäkkeet alkavat näkyä maljoilla yleensä 4–5 vuorokauden jälkeen ja kasvatusta jatketaan 10–12 vuorokauteen asti.

Legionellojen viljelymenetelmä on akkreditoitu pätevyysalueilla talousvesi ja lämmin käyttövesi.

Matriisien A-C mukaisiin legionella-analyyseihin sisältyy samaan hintaan myös heterotrofisten bakteerien määritys viljellen (R2A-alusta, 20 °C, 14 vrk), sillä se antaa taustatietoa vesijärjestelmän mikrobeille tarjoamista yleisistä kasvuolosuhteista.

Jäähdytysjärjestelmien näytteille (Matriisi B) tehdään myös aerobisten mikrobien määritys viljellen (TH-alusta, 30 °C, 2 vrk). Tarkemmat kuvaukset näistä määrityksistä löytyvät alla olevasta kohdasta: ”Legionellabakteerien analysointia täydentävät mikrobiologiset analyysit”.

Aerobiset mikrobit (alle 100 ml)

Aerobiset mikrobit määritetään vesinäytteistä pintaviljelynä TH-alustoilla käyttäen 2 vuorokauden kasvatusaikaa.

Eurooppalaisessa teknisessä legionellaohjeistossa esitetään aerobisten mikrobien lukumäärää >10⁷ pmy/l jäähdytysvesijärjestelmien lisätutkinnan ja puhdistuksen toimenpiderajaksi ja lukumäärää >10⁸ pmy/l pikaisten puhdistustoimien rajaksi. Menetelmää käytetään jäähdytysvesinäytteiden legionella-analyysien rinnalla.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

European Technical Guidelines for the Prevention, Control and Investigation of Infections Caused by Legionella species, June 2017

Heterotrofiset bakteerit (alle 100 ml)

Heterotrofiset bakteerit määritetään vesinäytteistä R2A-alustalla käyttäen 14 vuorokauden kasvatusaikaa. Menetelmää käytetään legionella-analyysien rinnalla kohteen yleisen bakteriologisen tilanteen selvittämiseen.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

Lämpökestoiset kampylobakteerit määritetään talousvesistä, luonnonvesistä ja jätevesistä standardin ISO 17995:2019 (Water quality – Detection and enumeration of thermotolerant Campylobacter spp.) mukaisesti. Näytteet suodatetaan tarvittaessa kalvoille, jotka siirretään rikasteliemeen ennen kiinteälle kasvualustalle siirrostamista. Tutkittu tilavuus/näyte on yleensä 4 litraa.

Menetelmä on akkreditoitu pätevyysalueella talousvesi.

Salmonellojen toteaminen talousvesistä, luonnonvesistä ja jätevesistä perustuu standardiin ISO 19250:2010 (Water quality – Detection of Salmonella spp.). Menetelmässä näytteet suodatetaan kalvoille, jotka  siirretään rikastusliemeen ennen kiinteälle kasvualustalle siirrostamista.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

Vibrio-suvun bakteerien toteaminen pintavesinäytteistä perustuu kalvosuodatus- ja pintalevitysmenetelmiin standardin ISO 21872-1:2017 (Microbiology of the food chain – Horizontal method for the determination of Vibrio spp. – Part 1: Detection of potentially enteropathogenic Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae and Vibrio vulnificus) mukaisella TCBS-alustalla sekä ChromAgar Vibrio-alustalla. Lajitunnistus tehdään joko MALDI-TOF-menetelmällä tai lajispesifisillä PCR-menetelmillä.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

Alkueläimet määritetään vesinäytteistä geeniosoitusmenetelmällä, jolloin suuren tilavuuden näytteenottomenetelmällä (DEUF) konsentroitu vesinäytepatruuna eluoidaan laboratoriossa ja eluaatti konsentroidaan kalvosuodattimelle.

Kalvosuodattimelta vesinäytteestä eristetään nukleiinihapot (DNA ja RNA). Nukleiinihapot analysoidaan kvantitatiivisella (RT-)qPCR-menetelmällä, joka perustuu tutkittavalle mikrobille spesifisen geenin osoittamiseen ja kvantitointiin standardisuoran avulla.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

Clostridium perfringens -bakteerit  analysoidaan talousvesistä, luonnonvesistä ja jätevesistä standardi SFS-EN ISO 14189:2016 (Veden laatu. Clostridium perfringensin pesäkemäärän määrittäminen. Kalvosuodatusmenetelmä) mukaisesti TSC-alustalla anaerobisesti.

Vegetatiiviset solut testataan näytteestä ilman käsittelyjä ja itiöiden testaamista varten näytettä lämpökäsitellään. C. perfringens -pesäkkeet varmistetaan hapanfosfataasitestiä käyttäen. TSC-alustaa voidaan käyttää myös sulfiittia pelkistävien klostridi-itiöiden määrittämiseen standardin SFS-EN 26461-2:2013 (Veden laatu. Sulfiittia pelkistävien anaerobien (klostridit) itiöiden osoitus ja lukumäärän määritys. Osa 2. Kalvosuodatusmenetelmä) mukaisesti.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

F-spesifiset kolifaagit määritetään talousvesistä, pintavesistä ja jätevesistä kansainvälisiä US EPA Method 1601:2001 (Male-specific (F+) and Somatic Coliphage in Water by Two-step Enrichment Procedure) ja US EPA Method 1602:2001 (Male-specific (F+) and Somatic Coliphage in Water by Single Agar Layer (SAL) Procedure) -menetelmiä soveltaen kvantitatiivisesti plakkitekniikalla tai kvalitatiivisesti rikastustekniikan avulla.

Menetelmiä ei ole akkreditoitu.

Heterotrofinen pesäkelukumäärä määritetään vesinäytteistä pintaviljelynä R2A-alustoilla käyttäen 7 vuorokauden kasvatusaikaa. R2A-alustalla saadaan talousveden mikrobeille edullisen ravinnekoostumuksen sekä pitkän inkubointiajan ansiosta suurempia pesäkelukumääriä kuin standardin SFS-EN ISO 6222:1999 (Veden laatu. Viljeltävien mikro-organismien lukumäärän laskeminen. Pesäkelasku siirrostamalla agar-ravintoalustaan) mukaisesti määritettynä.

Menetelmä on akkreditoitu pätevyysalueella talousvesi.

Heterotrofinen pesäkelukumäärä määritetään vesinäytteistä standardin SFS-EN ISO 6222:1999 (Veden laatu. Viljeltävien mikro-organismien lukumäärän laskeminen. Pesäkelasku siirrostamalla agar-ravintoalustaan) mukaisesti maljavalaen TH-alustoilla.

Menetelmä on akkreditoitu pätevyysalueella talousvesi.

Koliformiset bakteerit ja Escherichia coli -bakteeri määritetään talousvesistä, luonnonvesistä ja jätevesistä standardin SFS 3016:2011 (Veden laatu. Koliformisten bakteerien kokonaismäärän määritys kalvosuodatusmenetelmällä) ja standardin SFS-EN ISO 9308-1:2014/A1:2017 (Veden laatu. Escherichia coli -bakteerin ja koliformisten bakteerien lukumäärän määritys. Osa 1: Kalvosuodatusmenetelmä vesille, joissa on vähän taustabakteeristoa) mukaisesti käyttäen Les Endo-alustaa sekä kromogeenistä Chromocult-kasvualustaa. Näytteitä suodatetaan yleensä 100 ml ja 1 000 ml kummallekin alustalle.

Menetelmä on akkreditoitu pätevyysalueella talousvesi.

Somaattiset kolifaagit määritetään kvantitatiivisesti plakkitekniikalla talousvesistä ja talousveden valmistuksessa käytettävistä raakavesistä standardien SFS-EN ISO 10705-2:2000 (Veden laatu. Bakteriofaagien havaitseminen ja laskeminen. Osa 2: Somaattisten kolifaagien laskeminen) ja ISO 10705-3:2003 (Water quality – Detection and enumeration of bacteriophages – Part 3: Validation of methods for concentration of bacteriophages from water) mukaisesti. Näytteitä suodatetaan yleensä 100 ml.

Menetelmä on akkreditoitu pätevyysalueella raakavesi.

Suolistoperäiset enterokokit määritetään talousvesistä, luonnonvesistä ja jätevesistä standardin SFS-EN ISO 7899-2:2000 (Veden laatu. Suolistoperäisten enterokokkien laskeminen. Osa 2: Kalvosuodatusmenetelmä) mukaisesti. Näytteitä suodatetaan yleensä 100 ml ja 1000 ml.

Menetelmä on akkreditoitu pätevyysalueella talousvesi.

Suolistoperäisten mikrobien alkuperän jäljittämiseksi käytettävällä menetelmävalikoimalla voidaan tunnistaa suolistoperäisen saastumisen läsnäolo vesinäytteessä ja jäljittää, onko vesinäytteessä ihmisestä, märehtijöistä, siipikarjasta, sioista tai lokeista peräisin olevia suolistobakteereita. Lisäksi on mahdollista selvittää hevosten, lampaiden, koirien ja lintujen ulostebakteereiden esiintyminen tutkittavassa vesinäytteessä.

Tarvittava näytetilavuus on vähintään 2 litraa, tai näyte voidaan ottaa suuren tilavuuden näytteenotto (DEUF) -välineistöllä.

Vesinäytteistä eristetään nukleiinihapot (DNA ja RNA). Analyysi tehdään käänteiskopiointi-PCR-menetelmällä (RT-PCR) käyttäen ns. Real Time -PCR-analytiikkaa, joka perustuu tutkittavan geenin DNA:n tai bakteerisolun ribosomaalisen RNA:n osoittamiseen ja kvantitointiin standardisuoran avulla. Metabolisesti aktiivisissa bakteereissa esiintyy tutkittavia ribosomaalisen RNA:n kopioita enemmän kuin vastaavia DNA-geenikopioita. Testikohteet ja näytetilavuus valitaan asiakkaan pyynnön mukaan yleisten ja isäntä-spesifisten (RT-)qPCR-menetelmien valikoimasta.

Analyysivalikoimaan kuuluu markkerit yleiselle ulosteperäiselle saastumiselle (GenBac3) sekä ihmisille (HF183), märehtijöille (Rum-2-Bac), siipikarjalle (CL) ja sioille (Pig-2-Bac) spesifiselle saastumiselle. Lisäksi valikoimaan kuuluu markkerit yleiselle lintujen ulosteperäiselle saastumiselle (GFD), lokeille (Gull4), hevosille (HorsemtDNA), lampaille (SheepmtDNA) ja koirille spesifiselle saastumiselle (DogmtDNA).

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

Aktinomykeettien lukumäärä määritetään vesinäytteistä kalvosuodatusmenetelmällä käyttäen tärkkelys-kaseiini-kasvatusalustoja Suodatetut näytemäärät ovat välillä 1–200 ml. Maljat luetaan 7 vuorokauden ja 14 vuorokauden inkuboinnin jälkeen.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

Hiivojen ja homeiden lukumäärä määritetään vesinäytteistä kalvosuodatusmenetelmällä käyttäen 2 % mallasuute (M2)-kasvatusalustoja. Suodatetut näytemäärät ovat välillä 1–200 ml.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

AOC:lla (assimilable organic carbon) tarkoitetaan sitä näyteveden orgaanisen hiilen määrää, joka on suoraan mikrobien käytettävissä energian ja solujen hiilen lähteenä.

AOC-analyysissä rinnakkaisiin näytteisiin lisätään kahta bakteeripuhdasviljelmää: Pseudomonas fluorescens P17 ja Aquaspirillum sp. NOX, joiden lukumäärän kasvua seurataan R2A-agar viljelyillä. AOC:n määrä määritetään näyteveden aikaansaaman maksimaaliseen bakteerien pesäkelukumäärän perusteella.

Mikrobeille käytettävissä olevan hiilen määrä arvioidaan kahdella laskentatavalla:

• AOC-tulos lasketaan siten, että sekä Pseudomonas P17- ja Aquaspirillum NOX -bakteerien kasvu on standardoitu käyttämällä ainoastaan natriumasetaattia mallisubstraattina.
• AOC-tulokset lasketaan myös siten, että Pseudomonas P17 -bakteerien kasvu on standardoitu käyttämällä natriumasetaattia mallisubstraattina, ja Aquaspirillum NOX -bakteerin kasvu on standardoitu lisäksi natriumoksalaattin kanssa. Lopullinen AOC:n pitoisuus ilmoitetaan tässä tapauksessa sekä asetaatti- että oksalaattihiiltä vastaavana orgaanisen aineen pitoisuutena.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.

 MAP:lla (microbially available phosphorus) tarkoitetaan sitä näyteveden sisältämää epäorgaanista ja orgaanista fosforia, jonka testiorganismi kykenee vedestä ottamaan omien solujensa muodostamiseen ja metabolian ylläpitämiseen.

MAP-analyysissä rinnakkaisiin näytteisiin lisätään Pseudomonas fluorescens P17 -bakteeripuhdasviljelmää, jonka lukumäärän kasvua seurataan R2A-agar viljelyillä. Koeolosuhteet säädetään epäorgaanisen sekä orgaanisen (asetaatti) ravinneliuosten avulla siten, että ainoastaan fosforin pitoisuus rajoittaa testiorganismin kasvua. MAP:n määrä määritetään näyteveden aikaansaaman maksimaaliseen bakteerien pesäkelukumäärän perusteella. Analyysin mittausherkkyys on 80 ng PO4-P/l.

MAP-tulos lasketaan siten, että Pseudomonas P17 -bakteerin kasvu on standardoitu käyttämällä dinatrium-vetyfosfaattia (Na2HPO4) substraattina (0-10 μg PO4-P/l). Lopullinen tulos ilmoitetaan fosfaatti-fosforia vastaavana fosforin pitoisuutena.

Menetelmää ei ole akkreditoitu.