Varianter av coronaviruset i avloppsvattnet

Med uppföljning av avloppsvattnet är det möjligt att fastställa hurdan variation som förekommer i de relativa andelarna av olika coronavirusvarianter i Finland.

Varför är det nödvändigt att undersöka förekomsten av olika virusvarianter i avloppsvattnet?

Uppföljningen av avloppsvattnet är ett självständigt sätt att fastställa smittsituationen i samhällena, oberoende av testningsaktiviteten i hälso- och sjukvården. Coronaviruset utsöndras i sekret från nässvalget, avföringen och urinen hos de smittade personerna och förs därigenom till avloppsledningen. Informationen som samlas in om avloppsvattnet stöder epidemins lägesbild av förekomsten av virusvarianter på olika orter.

Vid coronavirusinfektioner kan inkubationstiden för sjukdomen, sjukdomens allvarlighet samt mängden och varaktigheten av viruspartiklar variera mellan olika viruslinjer. Uppgifterna om varianterna i avloppsvattnet har således betydelse för tolkningen av avloppsvattenresultaten. En virusvariant som utsöndras i rikligt antal och under en lång tid ger för varje smittad person en större signal för avloppsvattnet i området än en annan virusvariant som utsöndras i mindre mängder och under kortare tid från de smittade personerna.

Förändringen av viruslinjer förändrar alltså avloppsvattenfyndets förhållande till antalet infektioner bland befolkningen. Till exempel har virusantalet i människornas sekret i deltavarianten, som fram till slutet av 2021 var den rådande viruslinjen i Finland, varit större och virusutsöndringen efter smittan har varit långvarigare än omikronvarianten som blev vanligare i början av 2022².

Metod för identifiering av virusvarianter i avloppsvattnet

Det är möjligt att identifiera coronavirusvarianterna i avloppsvattnet, även om det är utmanande och kräver specialanalys. Coronavirusets arvsmassa, virus-RNA, är utspädd i avloppsvattnet och kan ta skada av miljöfaktorer. Med avancerade sekvenseringstekniker kan man få tecken på vilka varianter av coronaviruset som förekommer i avloppsvattnet på orten i fråga vid tidpunkten för provtagningen. Identifieringen av olika varianter baserar sig på att observera mutationer som kännetecknar varje variant. Mutationerna som följs upp kan variera i takt med att dominerande virusvarianter växlar och genominformationen ökar.

I mars 2021 inledde man, enligt en rekommendation av Europeiska kommissionen, utvecklingen och ibruktagandet av metoder för rapportering av variationer av coronaviruset i avloppsvattnet i nästan alla medlemsländer i Europeiska unionen³. I början av 2022 inledde THL ett ESI-WBE-utvecklingsprojekt i Finland, finansierat av Europeiska kommissionen, som stöd för detta arbete för att utveckla rapporteringen om variationerna av coronaviruset. Innan man kan undersöka förekomsten av virusvarianter i avloppsvattnet ska man för varje variant fastställa typiska mutationer, dvs. specificerade förändringar i arvsmassan. Uppföljningen av avloppsvattnet för coronavirusmutationer har redan utvecklats i flera länder, till exempel i Schweiz och Nederländerna^4,7.

Blandningen av den genetiska arvsmassan i avloppsvattnet analyseras för att upptäcka coronavirusmutationer med den nya generationens avancerade sekvenseringstekniker. Hur väl sekvenseringen av varje avloppsvattenprov lyckas bedöms genom att granska sekvensernas täckning och enhetlighet i hela genomområdet. Förekomsten av en enskild mutation i avloppsvattenprovet kan verifieras om mutationsområdet i fråga har sekvenserats tillräckligt täckande^5,6. THL fortsätter att utveckla metoder för att identifiera virusvarianter i avloppsvattnet.

Mer information

Meddelanden

Uppdaterad: Thu Dec 07 11:44:38 EET 2023