Genomisk uppföljning av SARS-CoV-2

Uppdaterad: 20.3.2024

Sedan december 2020 har man i Finland följt SARS-CoV-2-virusets evolution genom så kallad helgenomsekvensering. Med hjälp av helgenomsekvenser fastställer man de genetiska grupperna av viruset som cirkulerar bland befolkningen samt mutationerna i dem.

THL ansvarar för den nationella genomiska uppföljningen av SARS-CoV-2 viruset i Finland. Välfärdsområden samt laboratorier som deltar i coronavirusdiagnostiken skickar in ett urval av PCR-positiva SARS-CoV-2 prov för sekvensering varje vecka. Den producerade sekvensinformationen innehåller inga personuppgifter.

Helgenomsekvenseringens resultat rapporteras till registret över smittsamma sjukdomar och sammanställs på denna webbplats med ca 2 veckors fördröjning från provtagningen. På basen av sekvensdatan väljer man också ut virus för laboratorieundersökningar hos THL, bland annat för att utreda virusens förmåga att kringgå immunitet.

Sekvensinformationen som tas fram i Finland kombineras med globala databaser över SARS-CoV-2-virus, som bland annat används till att identifiera nya och potentiellt pandemiska genetiska grupper och till att upptäcka regionala förändringar i prevalensen av individuella undergrupper.

Resultat som baserar sig på sekvensdata och resultat som baserar sig på data från registret över smittsamma sjukdomar kan skilja sig något på grund av raporteringsfördröjningar. Resultaten för den senaste rapporteringsveckan baserar sig ofta på ett relativt litet antal sampel och är därför mindre tillförlitliga än resultat för tidigare veckor.

Lägesöversikt, mars 2024


Omikronvarianten BA.2.86 och undergrupper inom den dominerar under vintern. Den mest påträffade enskilda undergruppen är JN.1. Undergrupper inom omikronvarianten XBB, som dominerade variantlandskapet i höst, fortsätter att cirkulera med en låg prevalens. 

Resultaten från den finska SARS-CoV-2 genomuppföljningen motsvarar varianttrender som observerats på andra håll i Europa. SARS-CoV-2-varianterna utvecklas fortsättningsvis genom mutationer som förbättrar viruset förmåga att kringgå befolkningens immunitet. 

Eftersom antalet rapporterade SARS-CoV-2-fall för tillfället är mycket lågt, baserar sig även genomuppföljningsdata på ett relativt litet antal prover.

WHO:s riskbedömning på JN.1, 09.02.2024

Innehåll

Tabell 1. Sekvenseringsresultat, procentuella andelarna av VOI (variants of interest) och VUM (variants under monitoring) grupperna bland uppföljningsprov

Tabell 1. Innehåll länkat nedan i tillgängligt tabellformat.

Klicka att förstora bilden (png, 84 KB). Tidsmässig förändring i prevalensen av de viktigaste omikronundergrupperna som uppföljs intensifierat. Tabellen visar de procentuella andelarna av VOI (variants of interest) och VUM (variants under monitoring) undergrupperna under observationsperioden enligt provtagningsvecka. 

Materialet i Tabell 1 i ett tillgängligt tabellformat (csv, 1 KB)

Graf 1. Andelen genetiska grupper registrerade i registret över smittsamma sjukdomar, per vecka

Graf 1. Innehåll länkat nedan i tillgängligt tabellformat.

Klicka att förstora bilden (png, 155 KB). Grafen beskriver de procentuella andelarna av de viktigaste genetiska undergrupperna i registret över smittsamma sjukdomar, per provtagningsvecka.. De gröna staplarna representerar BA.2 undergrupper och rosafärgade staplar representerar BA. 5 undergrupper De svart-grå staplarna representerar rekombinantfamiljer (XBB, XBB.1.5.X, XBB.1.9.1.X, XBB.1.9.2.X, XBB.1.16.X, XBB.2.3.X och EG.5.X) och de ljusgrå staplarna representerar genetiska grupper som inte inkluderats i de tidigare grupperna. Gruppens .X-ändelse omfattar alla härstammande undergrupper.. 

Materialet i Graf 1 i ett tillgängligt tabellformat (csv, 28 KB)

Graf 2. Andelen genetiska grupper registrerade i registret över smittsamma sjukdomar i Nyland och övriga delar av landet, per månad

Graf 2. Innehåll länkat nedan i tillgängligt tabellformat.

Klicka att förstora bilden (png, 130 KB). Grafen beskriver de procentuella andelarna av de viktigaste genetiska undergrupperna i registret över smittsamma sjukdomar. De gröna staplarna representerar BA.2 undergrupper och rosafärgade staplar representerar BA. 5 undergrupper. De svart-grå staplarna representerar rekombinantfamiljer (XBB, XBB.1.5.X, XBB.1.9.1.X, XBB.1.9.2.X, XBB.1.16.X, XBB.2.3.X och EG.5.X) och de vita staplarna representerar genetiska grupper som inte inkluderats i de tidigare grupperna. Gruppens .X-ändelse omfattar alla härstammande undergrupper. Resultaten för den december baserar sig på ett relativt litet antal prover och är därför mindre tillförlitliga än resultat för tidigare månader. 

Materialet i Graf 2 i ett tillgängligt tabellformat (csv, 11 KB)

Graf 3. Distributionen av genetiska undergrupper bland uppföljningsprov 

Graf 3. Innehåll länkat nedan i tillgängligt tabellformat.

Klicka att förstora bilden (png, 166 KB). Förändringen i andelen individuella undergrupper bland uppföljningsprov, per vecka. Grafen visar undergrupperna med 10 eller fler observationer under granskningsperioden. Undergrupper, för vilka det finns färre än 10 observationer under granskningsperioden, sammanförs i gruppen"*". De gråtonade områdena representerar XBB-undergrupper och de gröntonade områdena representerar BA.2-undergrupper.

Materialet i Graf 3 i ett tillgängligt tabellformat (csv, 1 KB) 

Graf 4. Antalet observationer av de genetiska grupperna registrerade i registret över smittsamma sjukdomar, per vecka fr. o. m. november 2020

Graf 4. Innehåll länkat nedan i tillgängligt tabellformat.

Klicka att förstora bilden (png, 110 KB). Antalet fall av VOC (variant of concern) och rekombinanta grupper som registrerats i registret över smittsamma sjukdomar, per vecka. Långtidsgrafen beskriver variantvågorna från och med slutet av 2020, då den nationella genomövervakningen av SARS-CoV-2 inleddes. 

Materialet i Graf 4 i ett tillgängligt tabellformat (csv, 84 KB)

Uppdaterad: