Genomisk uppföljning av SARS-CoV-2
Uppdaterad: 7.10.2024
Sedan december 2020 har man i Finland följt SARS-CoV-2-virusets evolution genom så kallad helgenomsekvensering. Med hjälp av helgenomsekvenser fastställer man de genetiska grupperna av viruset som cirkulerar bland befolkningen samt mutationerna i dem.
THL ansvarar för den nationella genomiska uppföljningen av SARS-CoV-2 viruset i Finland. Välfärdsområden samt laboratorier som deltar i coronavirusdiagnostiken skickar in ett urval av PCR-positiva SARS-CoV-2 prov för sekvensering varje vecka. Den producerade sekvensinformationen innehåller inga personuppgifter.
Helgenomsekvenseringens resultat rapporteras till registret över smittsamma sjukdomar och sammanställs på denna webbplats. På basen av sekvensdatan väljer man också ut virus för laboratorieundersökningar hos THL, bland annat för att utreda virusens förmåga att kringgå immunitet.
Sekvensinformationen som tas fram i Finland kombineras med globala databaser över SARS-CoV-2-virus, som bland annat används till att identifiera nya och potentiellt pandemiska genetiska grupper och till att upptäcka regionala förändringar i prevalensen av individuella undergrupper.
Resultat som baserar sig på sekvensdata och resultat som baserar sig på data från registret över smittsamma sjukdomar kan skilja sig något på grund av raporteringsfördröjningar. Resultaten för den senaste rapporteringsveckan baserar sig ofta på ett relativt litet antal sampel och är därför mindre tillförlitliga än resultat för tidigare veckor.
- Observerade coronavirusvarianter i avloppsvattnet
- WHO och ECDC upprätthåller listor över sk. variants of interest (VOI) och variants under monitoring (VUM) samt samlar in information om deras smittsamhet, sjukdomens svårighetsgrad samt förmåga att kringgå immunitet.
Tracking SARS-CoV-2 variants (på engelska, WHO)
SARS-CoV-2 variants of concern (på engelska, ECDC) - SARS-CoV-2 virusets genetiska grupper kan följas globalt på webbplatsen Nextstrain.
Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 (englanniksi, Nextrain.org)
Lägesöversikt, oktober 2024
Under sommaren och hösten 2024 var alla sekvenserade SARS-CoV-2 samplen undergruppen inom JN.1.KP.3.1.1 är den mest allmänt förekommande undergruppen och står för över 70 procent av alla observationer. På basen av global data på cirkulerande SARS-CoV-2 undergrupper, motsvarar våra resultat trender i de Europeiska länderna, medan större skillnader i undergruppsdistributionen kan observeras mellan kontinenter.
SARS-CoV-2-varianterna utvecklas forstättningsvis genom mutationer som förbättrar viruset förmåga att kringgå befolkningens immunitet.
Enligt WHO:s bedömning, förväntas inte de för närvarande cirkulerande undergrupperna märkbart skilja sig från de tidigare i fråga om folkhälsorisker.
Innehåll
- Tabell 1. Andelen (%) genetiska undergrupper av SARS-CoV-2 som observerats bland sekvenserade sampel i Finland
- Graf 1. Distributionen av enskilda genetiska undergrupper bland uppföljningsprov
- Graf 2. Antalet observationer av de genetiska grupperna registrerade i registret över smittsamma sjukdomar, per vecka fr. o. m. november 2020
Tabell 1. Andelen (%) genetiska undergrupper av SARS-CoV-2 som observerats bland sekvenserade sampel i Finland
Materialet i Graf 1 i ett tillgängligt tabellformat (csv, 1 KB)
Graf 1. Distributionen av enskilda genetiska undergrupper bland uppföljningsprov, juni-september 2024
Materialet i Graf 1 i ett tillgängligt tabellformat (csv, 1 KB)
Graf 2. Antalet observationer av de genetiska grupperna registrerade i registret över smittsamma sjukdomar, per vecka fr. o. m. november 2020
Materialet i Graf 2 i ett tillgängligt tabellformat (csv, 11 KB)