Genomisk uppföljning av SARS-CoV-2

Uppdaterad: 24.6.2024

Sedan december 2020 har man i Finland följt SARS-CoV-2-virusets evolution genom så kallad helgenomsekvensering. Med hjälp av helgenomsekvenser fastställer man de genetiska grupperna av viruset som cirkulerar bland befolkningen samt mutationerna i dem.

THL ansvarar för den nationella genomiska uppföljningen av SARS-CoV-2 viruset i Finland. Välfärdsområden samt laboratorier som deltar i coronavirusdiagnostiken skickar in ett urval av PCR-positiva SARS-CoV-2 prov för sekvensering varje vecka. Den producerade sekvensinformationen innehåller inga personuppgifter.

Helgenomsekvenseringens resultat rapporteras till registret över smittsamma sjukdomar och sammanställs på denna webbplats med ca 2 veckors fördröjning från provtagningen. På basen av sekvensdatan väljer man också ut virus för laboratorieundersökningar hos THL, bland annat för att utreda virusens förmåga att kringgå immunitet.

Sekvensinformationen som tas fram i Finland kombineras med globala databaser över SARS-CoV-2-virus, som bland annat används till att identifiera nya och potentiellt pandemiska genetiska grupper och till att upptäcka regionala förändringar i prevalensen av individuella undergrupper.

Resultat som baserar sig på sekvensdata och resultat som baserar sig på data från registret över smittsamma sjukdomar kan skilja sig något på grund av raporteringsfördröjningar. Resultaten för den senaste rapporteringsveckan baserar sig ofta på ett relativt litet antal sampel och är därför mindre tillförlitliga än resultat för tidigare veckor.

Observerade coronavirusvarianter i avloppsvattnet
WHO och ECDC upprätthåller listor över sk. variants of interest (VOI) och variants under monitoring (VUM) samt samlar in information om deras smittsamhet, sjukdomens svårighetsgrad samt förmåga att kringgå immunitet.
Tracking SARS-CoV-2 variants (på engelska, WHO)
SARS-CoV-2 variants of concern (på engelska, ECDC)
SARS-CoV-2 virusets genetiska grupper kan följas globalt på webbplatsen Nextstrain.
Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 (englanniksi, Nextrain.org)

Lägesöversikt, Juni 2024

I maj-juni var de flesta sekvenserade SARS-CoV-2 virusen undergrupper inom BA.2.86-JN.1 och s.k. FLiRT-varianter. Ett flertal undergrupper cirkulerar parallellt, de mest allmänt observerade var JN.1.18, KP.3 och KP.2.

JN.1 har varit den dominerande omicron undergruppen I Finland och Europa sedan början av året. Undergrupper inom JN.1 står för tillfället för över 90 procent av alla sekvensserade sampel som rapporteras i värden.

FLiRT-varianterna kännetecknas av specifika mutationer i spikproteinet. Dessa mutationer har påträffats även hos tidigare varianter. Enligt WHO:s bedömning, förväntas inte de för närvarande cirkulerande undergrupperna märkbart skilja sig från de tidigare i fråga om folkhälsorisker.

Resultaten från den finska SARS-CoV-2 genomuppföljningen motsvarar varianttrender som observerats på andra håll i Europa. SARS-CoV-2-varianterna utvecklas fortsättningsvis genom mutationer som förbättrar viruset förmåga att kringgå befolkningens immunitet.

Eftersom antalet rapporterade SARS-CoV-2-fall för tillfället är mycket lågt, baserar sig även genomuppföljningsdata på ett relativt litet antal prover.

WHO:s riskbedömning på JN.1, 15.04.2024